無法渡海，大家只能暫時待在鎮(zhèn)長家的廢棄別墅里，然而干坐在這里等救援還不如對這棟房子進(jìn)行一番調(diào)查，于是 ，大家就分組行動，柯南和服部等人在一樓的房間里發(fā)現(xiàn)了鎮(zhèn)長和他女兒的照片以及房梁上一些莫名其妙的文字，突然間，二樓傳來慘叫，久米不知為何在看到鎮(zhèn)長女兒的肖像油畫后就變的很反常，這時，救援船趕來，可船上卻只有一具船長的尸體和一行字句，事情變得越來越奇怪了。

小五郎帶著小蘭和少年偵探團(tuán)的孩子們來到被稱為地球遺產(chǎn)的人造木屋的集落·鬼澤鄉(xiāng)去觀光。這個村莊里最近流傳著小孩幽靈的傳言。而到了夜里，柯南他們?yōu)榱舜_認(rèn)幽靈而出去散步的時候，步美卻和少女幽靈相遇了暈了過去！而對于步美的發(fā)現(xiàn)村子里的人卻極力否認(rèn)，到底是幽靈少女還是真有其人？

柯南、小蘭、小五郎在吃完法國料理后回家的路上，碰巧看到了在西須三田車站的吵架現(xiàn)場。而之后那個中年男子在爭斗中從站臺掉下下去當(dāng)場死亡。根據(jù)目擊者以及當(dāng)事人的證詞警方都認(rèn)定是意外，但只有柯南注意到了隱藏在意外背后的不自然的地方，而在調(diào)查了犯罪現(xiàn)場后柯南終于揭開了案件的真相。而兇手也承認(rèn)了因為女朋友遇到車禍而報復(fù)殺人的事實。

元太帶朋友們來到一家寵物店，沒想到居然發(fā)現(xiàn)了老板白井的尸體，奇怪的是在他的店里居然出現(xiàn)了本不該在這個季節(jié)出現(xiàn)的甲蟲，為了進(jìn)一步進(jìn)行調(diào)查，他們從寵物店里拿了一張群馬縣甲蟲博物館的宣傳單，與偶遇的高木一起驅(qū)車趕往群馬，在這里他們認(rèn)識了博物館職員荒木、甲蟲研究家榛名和雜志社編輯石田，當(dāng)?shù)弥拙粴⒌南⒑螅總€人都連忙推卸，但根據(jù)目前掌握的線索，兇手一定就在他們?nèi)酥小?/p>

之后，新一又對舞臺重新進(jìn)行調(diào)查，并注意到了舞臺的活動機(jī)關(guān)，如果利用這個的話兇手及其犯案手法都不難推斷，他將事情的真相告訴有希子，由她揭穿兇手，然而，在兇手被警方帶走前卻說了一句讓小蘭很介意的話。案子結(jié)束后，小蘭不小心弄丟了莎朗送給她的手帕，沒想到兩人找手帕的時候遇到了……