柯南和服部等人得知了犬伏家兄妹幾人改名的事情，而在和葉子和小蘭的閑聊中服部和柯南領(lǐng)悟到了魔犬的秘密正在這時裟臣婆婆卻突然倒下。而在小蘭和葉子的提示下小五郎推理出幸姬變是此次事件的犯人。而當(dāng)眾人來到小屋里尋找幸姬的時候，魔犬卻突然出現(xiàn)！但當(dāng)魔犬撲過來時眾人發(fā)現(xiàn)魔犬其實(shí)只是小狗，而服部和柯南也揭露了犯人的真面目。

殺人案件發(fā)生之后，警方立刻調(diào)查旅館中所有人的不在場證明，與此同時，小五郎等人分別進(jìn)入德備、荒巖以及野平的房間，查看他們是否有能夠運(yùn)送液體的容器，期間，身為畫家的德備提議把小蘭所看的到的河童畫下來，就在大伙聚在德備房內(nèi)研究河童時，柯南發(fā)現(xiàn)了關(guān)鍵線索，他將大談外星人理論的山村警官麻醉，說出了事情的真相，至于小蘭看到的河童，那不過是……

這兩人竟然是長野縣警官上原由衣和大和敢助，他們此次前來的目的是讓柯南和小五郎幫忙破解沾滿鮮血的赤壁之謎！于是一行人來到案發(fā)的希望之館，這里曾經(jīng)住著六個很有才華的年輕人，自從三年前一名女性小葵心臟病發(fā)去世之后，她的丈夫明石周作就獨(dú)自一人留在館內(nèi)生活，可是他卻被人鎖在館內(nèi)的屋中活活餓死，如今能看到的只有他留下的奇特死亡訊息，這時，大和警官的死對頭諸伏高明警官也來到館內(nèi)進(jìn)行調(diào)查。

受小林老師之托的少年偵探團(tuán)在視聽教室找防范犯罪錄音帶，這時，千葉警官突然出現(xiàn)，雖然他嘴上說是為了懷念母校，但實(shí)際目的卻是為了找13年前一個女孩子留給他的情書回復(fù)，詢問過詳細(xì)情況后，大家?guī)退黄鹪诒姸噤浻皫е姓遗⒘粝碌男畔?，最終，柯南找到了女孩的回復(fù)，得知對方也喜歡自己的千葉，準(zhǔn)備在今晚的同學(xué)會向這名女生表白，曾經(jīng)錯過這段感情的千葉警官能找到自己的幸福嗎？

園子的次郎吉叔祖父要舉辦龍馬展，而怪盜基德則發(fā)出了預(yù)告狀。但奇怪的是這次基德發(fā)出的是歸還物品的預(yù)告狀！而從叔祖父那里園子他們了解到這次次郎吉只是借出了博物館場地，而展覽的主辦發(fā)則是樽見。為了對抗基德，幾次郎在展覽場地安排了特別“基德歸還處”就在眾人在處處提防怪盜基德的時候柯南發(fā)覺了基德指定的日期是雨天。但基德的用意究竟何在？