日暮警官有事求助于小五郎，最近一件殺人案讓他非常苦惱。舞濱龍二是文學(xué)家靈岸雄高的外甥，靈岸先生在家被人謀殺，根據(jù)目擊者的證詞，警方鎖定犯罪嫌疑人就是舞濱龍二。但就在離起訴期只剩兩天的時(shí)候，舞濱龍二突然推翻之前的證詞，說靈岸先生被害那晚他正在自家附近實(shí)施入室搶劫，受害者的證詞也證明了這點(diǎn)。靈岸家與舞濱家距離有一個(gè)多小時(shí)的車程，舞濱龍二到底是怎么錯(cuò)過時(shí)間差實(shí)施殺人犯罪的，這讓日暮警官百思不得其解。

不分晝夜騎著巨大摩托車四處游蕩的天城達(dá)也遇害，生前給周圍居民帶來不小困擾的他遭到了人們的冷漠對待，大家都很慶幸有人殺了他。應(yīng)當(dāng)擔(dān)任與天城達(dá)也溝通協(xié)商的居委會會長番藤彥一死在了自己的家中，雖然現(xiàn)場布置成了自殺的模樣，但柯南和小五郎還是看出了端倪，這一點(diǎn)被咖啡廳的老板金滿豐子證實(shí)，她提出昨晚番藤根本就不會與天城見面。

目睹柯南墜崖的眾人陷入了痛苦和無助之中，警察署的搜查工作也一籌莫展，然而小哀卻覺得此事另有蹊蹺，便獨(dú)自上路尋找柯南。另一方面伊勢原在柯南的幫助下成功脫險(xiǎn)，二人在山中的木屋與小哀相遇。在三人的設(shè)計(jì)和警方的幫助下，抓捕佐羅的行動圓滿完成。正當(dāng)眾人以為此事已畫上句點(diǎn)時(shí)，柯南卻發(fā)現(xiàn)案件仍有疑點(diǎn)……

少年偵探團(tuán)的理科自由研究作業(yè)是拍攝鎮(zhèn)子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來到云丸山露營，在山中小屋他們遇到了正在爭吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭吵的焦點(diǎn)。爭吵過后岳美負(fù)氣離開睡在了懸崖底下，半夜的時(shí)候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來的柯南見證了這一幕，但在第二天元太卻發(fā)現(xiàn)山下的岳美小姐倒在了血泊中。

通過與世良的接觸，柯南回憶起與世良初次相遇的情形。十年前，秀一從美國回到日本，與家人一起在海灘游玩，恰好偶遇了年幼的新一和小蘭。沉迷偵探游戲的新一引起了秀一的興趣，正當(dāng)二人交談甚歡時(shí)，突然有一輛車從沿海公路上沖破護(hù)欄墜入深海。秀一馬上潛入海中實(shí)施救援，卻發(fā)現(xiàn)駕駛員已當(dāng)場死亡。根據(jù)秀一的推斷，案發(fā)前車上應(yīng)該還有死者的同伴，而死者的身份也是疑點(diǎn)重重……