少年偵探團(tuán)利用連休來(lái)到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂(lè)趣，但跟著他們一起前來(lái)的園子、小蘭和小五郎卻對(duì)小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購(gòu)買(mǎi)的老店中卻沒(méi)有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來(lái)的社長(zhǎng)竟然稱所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽(tīng)到小五郎名號(hào)的社長(zhǎng)急忙拜托調(diào)查。

現(xiàn)場(chǎng)的鄰居是前男友（后篇）

柯南與伙伴們一起搭乘上了鈴木號(hào)特快車參加活動(dòng)，位于八號(hào)車的伙伴們神情非常詭異，車廂里舉辦的是推理游戲，柯南和少年偵探團(tuán)等人也順勢(shì)參加，而小哀能夠清楚的感受到暗地里接近她的黑影，正在進(jìn)行的推理游戲竟然轉(zhuǎn)變成了真正的密室殺人事件，柯南能從人群中揪出兇手來(lái)嗎？

經(jīng)過(guò)調(diào)查警方并未在拉面里發(fā)現(xiàn)毒物反應(yīng)，反而在被害者的衣服內(nèi)側(cè)以及他隨身攜帶的物品中發(fā)現(xiàn)毒物，據(jù)拉面店老板說(shuō)這也可能是西津打算逼走他們而準(zhǔn)備放在拉面里的毒藥，不想?yún)s害死自己的意外事故，這種說(shuō)法得到了目暮警官的認(rèn)可，就在他準(zhǔn)備以自殺或意外結(jié)案的時(shí)候，暗中觀察而看透真相的柯南將小五郎麻醉道出真相。

少年偵探團(tuán)和阿笠博士一起應(yīng)邀參加冰雕祭奠，而邀請(qǐng)他們的則是前任村長(zhǎng)的女兒美加小姐，來(lái)到祭奠的他們還看到了技藝精湛的冰雕師傅鹽田。鹽田先生為祭奠所設(shè)計(jì)的冰雕旅館卻成為了結(jié)束祭奠的誘因，現(xiàn)任的山口村長(zhǎng)準(zhǔn)備停止祭奠和東都休閑產(chǎn)業(yè)合作，就在大家忙著修理冰雕大門(mén)的晚上村長(zhǎng)死在了冰雕旅館之中，而晚上起來(lái)方便的光彥聲稱看到了村長(zhǎng)的幽靈。