雖然他們四人都有不在場的證明，但警方和小五郎仍然對他們保持懷疑態(tài)度，并前去他們當(dāng)時所在的唐戶市場、唐戶棧橋和海響?zhàn)^逐一進(jìn)行確認(rèn)，就在小五郎自認(rèn)為推理出整個案件時，野島榮子卻跑去警局自首，她將自己殺人的過程和動機(jī)一五一十的坦白，隨后她的三位朋友趕到，為了友情他們又曾有何行動？真正殺死真尾的人真的是野島榮子嗎？

朱蒂向小蘭和園子坦白了自己FBI的身份，而朱蒂還向小哀提議加入證人保護(hù)計(jì)劃。另一方面從學(xué)校回來的路上步美與柯南他們分手后徑自往家走。突然她和一個穿雨衣的男人撞在一起并倉皇離去，而這個人卻是殺人嫌疑犯！在警方的調(diào)查中步美說出手上發(fā)現(xiàn)了一個類似""5""似的記號，而這個記號究竟又是什么意思呢？

小蘭去找新娘香取茜草時，卻發(fā)現(xiàn)休息室內(nèi)空無一人，于是柯南和小蘭等人分頭行動。根據(jù)那張繡球花的照片，柯南在噴泉的雕像上找到了丟失的紅寶石戒指，可是茜草依舊不見蹤影，小蘭和園子在風(fēng)車木屋附近找到了茜草的一只高跟鞋，便斷定她一定是被人綁架了，這時，時鐘響起柯南聽出了其中的怪異，便循著聲音找到了茜草，可茜草卻說真正有危險的是阿妙婆婆……

少年偵探隊(duì)在調(diào)查連續(xù)闖空門事件的時候，一幢公寓里突然傳出女聲尖叫，原來這名叫細(xì)野的小姐在買回來的二手沙發(fā)里發(fā)現(xiàn)了一具女尸，警方懷疑是她就是兇手，但細(xì)野卻有不在場的證明，這時，她的鄰居德永先生剛好回來，他說昨天聽到細(xì)野房中有爭執(zhí)的聲音，為搜集更多線索，高木去了那家二手家具店調(diào)查，得知那個沙發(fā)其實(shí)是從細(xì)野家附近的垃圾堆撿到的，一切又回到原點(diǎn)，就在大家一籌莫展時，光彥說他知道誰是兇手……

柯南、小蘭與小五郎因車子沒油了，得到木山家具社長馬島的款待。社長家的宅院每天會流三次水的組合石庭。在去客廳的途中眾人偶遇馬島與下屬發(fā)生沖突的一面。這天木山家具為了紀(jì)念1號店，聚集了眾多相關(guān)者開宴會。而從設(shè)計(jì)石庭的前社長的兒子、木山智則開始，出席者仿佛都記恨馬島。清晨突然發(fā)現(xiàn)馬島社長死在了石庭的中央！