少年偵探團和阿笠博士一起去露營，沒想到不但迷了路就連車子也爆了胎，大家只好到深山里只住著一位老婆婆的房子借宿，隨后，又來了三個同樣因迷路而趕來過夜的三個年輕人。然而就在光彥半夜目擊到老婆婆磨刀后，三名男女中的大庭茜被人用利刃刺傷脖頸，失血過多而死，警方立刻介入調(diào)查，并在這件屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)了多把刀具。

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動，但同時FBI也暴露了行動，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對策。另一方面，英祐伺機潛入了水無憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

一名老護士告訴柯南，她以前見過英祐并且在他小的時候還因白血病做過手術(shù)。另一方面，得知杯戶中央醫(yī)院被黑暗組織入侵后，柯南和FBI立刻對醫(yī)院的病人進行了排查，其中最具嫌疑的有三個人，為找出那個在醫(yī)院調(diào)查水無憐奈的人，柯南想出了一條妙計，他直接與這三個嫌疑者接觸，最終將目標(biāo)鎖定，在接下來的行動中，柯南和FBI又能得到什么樣的線索？

小林老師在圖書館里發(fā)現(xiàn)了一個牛皮錢包，那里放了小學(xué)一年級時小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書館遇到了一個自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個裝有暗號的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號的尋寶之旅！

兇器是房間工具箱里的錘頭，并且柯南還發(fā)現(xiàn)每個人的房間都有薰衣草和工具箱，到底是誰做出這種安排？又是出于什么目的呢？既然是無人島，那么兇手一定就是這棟房子中的一人，之后柯南他們又對供電的小房子進行了調(diào)查，然而根據(jù)所找的線索，柯南，服部和白馬探每個人鎖定的嫌犯都不相同，即便如真相也只有一個！