被害的真紀(jì)的因?yàn)殄X包不見了，被疑為是強(qiáng)盜殺人。乍看之下雖然像是強(qiáng)盜殺人，柯南卻肯定兇手是這些大學(xué)生一行人中的某人。雖然懷疑藤浩的不在場(chǎng)證明是否可以確立，這時(shí)這一行人中復(fù)雜的人際關(guān)系一點(diǎn)一點(diǎn)浮現(xiàn)出來(lái)。這次的殺人事件中，隱藏著另外一個(gè)邪惡的計(jì)劃。在“沉睡的小五郎”的解說(shuō)下兇手最終浮出水面來(lái)。

小蘭的母親妃英理為一起殺人事件的被告作辯護(hù)。擔(dān)當(dāng)公訴人的女士是把英理視為對(duì)手的九條玲子。宇佐美堅(jiān)持殺人事件發(fā)生時(shí)什么都不記得了。英理等人到宇佐美前妻經(jīng)營(yíng)的酒店去調(diào)查。小五郎說(shuō)事件發(fā)生時(shí)宇佐美也在店里，但英里以醉酒為理由對(duì)此抱有懷疑的態(tài)度。而在柯南的分析下英里發(fā)現(xiàn)40分鐘的空白時(shí)間。最終小五郎是否會(huì)出庭作證呢？

金澤氏由于被迷樣的狙擊者所威脅，委托小五郎調(diào)查。小五郎等人到了建筑師金澤氏的別墅。大家在巴比0時(shí)突然聽到槍聲，循聲去看時(shí)金澤氏已經(jīng)被殺害。毛利和警官發(fā)現(xiàn)了兇手殺人的機(jī)關(guān)推測(cè)犯人可能是外部人員但在柯南的調(diào)查下發(fā)現(xiàn)了兇手就是在島上的內(nèi)部人員。在罪證面前兇手最終承認(rèn)了罪行同時(shí)道出了因?yàn)榻饾赏当I自己設(shè)計(jì)而最終走上不歸路的事情。

倒在浴室的薰被送到醫(yī)院。因?yàn)檎也坏綒⒑λ龝r(shí)所使用的兇器而被認(rèn)為是外部人所為，柯南從寫著祝福話語(yǔ)的彩色信紙上發(fā)現(xiàn)是內(nèi)部人所為。在獨(dú)自調(diào)查現(xiàn)場(chǎng)的時(shí)候柯南注意到大家送上祝福的祝福版上的不自然并推理出了犯人和犯人的犯罪手法。柯南單獨(dú)面對(duì)犯人說(shuō)出自己的推理，犯人在證據(jù)面前承認(rèn)了自己的罪行，因?yàn)槔⒕沃氨阋呀?jīng)決定自殺的犯人在柯南的救助下活了下來(lái)而熏也搶救成功渡過(guò)危險(xiǎn)。

茂木認(rèn)為小五郎是兇手而開槍將他射傷，當(dāng)前來(lái)“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時(shí)，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒想到這個(gè)人居然是……柯南引導(dǎo)她說(shuō)出了整件事的真相，而這時(shí)，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？