白夜團利用民眾游行包圍了雷門公司，但他們真正的目的則是片助的科學忍具研究所。當大家的注意力全被雷門公司吸引時白夜團搶走了研究所的忍術資料，鹿臺意識到這一點后立即與博人等人趕了過去，他們依靠片助的跟蹤器找到了白夜團，在同伴們的掩護下鹿臺和博人追了上去，他們能阻止白夜團的陰謀嗎？

董卓見呂布戰敗，盟軍勢大，燒洛陽，逼獻帝遷都長安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅在宮井中得到傳國玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國安飾）與袁紹發生摩擦，去了揚州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時，司徒王允在長安設下連環計，讓董卓和呂布為爭奪歌JI貂嬋而發生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務農，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮東將軍，屯駐兗州。這時，曹操老父被黃巾降將所害，操為報父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務。曹操與呂布混戰，收復兗州。

張飛（李靖飛飾）搶了呂布的馬匹，遷怒了呂布，劉備（孫彥軍飾）決定投奔曹操（鮑國安飾），曹操封劉備豫州牧。漢獻帝建安2年，張繡屯兵宛城，曹操親自帶兵討伐，張繡自知不敵，于是迎降曹操，不可一世的曹操納了張濟的妻子，也就是張繡的嬸嬸致使張繡深感屈辱，于是認同賈詡的計策，夜襲了曹操，曹操的愛將典韋、長子曹昂、侄子曹安民等人戰死，損失慘重。建安3年，袁術在淮南稱帝，曹操率三路大軍征討，曹兵十七萬包圍壽春，一度糧草不濟，兵士皆怨，曹操向王允“借”首以穩軍心。

佐助這次帶回來的信息并不樂觀，去過輝夜之城的他遇到了兩個強大的對手，大筒木金式與大筒木桃式，擺脫兩人的攻擊后佐助立刻趕了回來。博人準備去找父親理論的時候在門口撞見了佐助，想要打敗父親的博人打算拜佐助為師，但佐助開出的條件卻是讓他先學會螺旋丸。

忍者學校的畢業考試就要開始了，筆試過后便是實技考試，各方面都很優異的博人很輕視這次的考試，他認為只要是考試就能輕松通過。實技考試開始了，監考老師有志乃、木葉丸和紅豆老師，而六代火影卡卡西也親自到場，雖然老師們展示出了前所未有的威壓，但過于自信的博人卻并沒有當回事兒。