發(fā)生了這種不幸的事，小五郎帶著柯南、小蘭來(lái)到小惠家看望她，期間，柯南借上廁所之名跑到二樓的書(shū)房進(jìn)行調(diào)查，他發(fā)現(xiàn)在電話(huà)線(xiàn)和墻壁連接的地方有膠帶的痕跡，之后又跑去案發(fā)時(shí)的車(chē)庫(kù)，看到車(chē)庫(kù)的上方的窗子，更加確定了自己的推測(cè)——這起汽車(chē)爆炸事件另有隱情，數(shù)日后，小五郎再次來(lái)到小惠家，然而此次前來(lái)的目的卻是……

柯南，小蘭和小五郎一行三人搭乘開(kāi)往北海道的特快列車(chē)北斗星三號(hào)，在通過(guò)隧道的時(shí)候珠寶商人出云被人槍殺，兇手將車(chē)窗射穿跳出車(chē)外逃跑，之后警方又在隧道之中發(fā)現(xiàn)了疑似歹徒的男人，這宗命案的過(guò)程簡(jiǎn)直跟柯南的爸爸工藤優(yōu)作一篇未發(fā)表的推理小說(shuō)一模一樣，期間一個(gè)言行奇怪的女人引起的柯南的注意，在柯南揭穿她的謊言后，她終于暴露了身份。

在盛夏到伊豆去做海水浴時(shí)，有一個(gè)叫道脅的男子主動(dòng)和園子搭訕，并邀請(qǐng)三人一起吃飯，期間，道脅談起了當(dāng)?shù)赜忻哪凶託⒑稚^發(fā)女生的事，就在這時(shí)，有人匆忙跑來(lái)說(shuō)有一名褐發(fā)女子在小樹(shù)林遇害。晚上，柯南三人在等待道脅接他們共進(jìn)晚餐時(shí)，園子卻遭到了不明人士的攻擊。

在放學(xué)回家的路上，柯南和灰原發(fā)現(xiàn)了黑衣組織中金恩的車(chē)子，柯南在車(chē)上裝了發(fā)信器和竊聽(tīng)器進(jìn)行跟蹤，但被金恩發(fā)現(xiàn)，他也因此察覺(jué)到灰原的存在。柯南和灰原根據(jù)竊聽(tīng)器聽(tīng)到的地址，來(lái)到金恩和匹斯可等人要進(jìn)行殺人計(jì)劃的杯戶(hù)飯店，這里正舉行電影導(dǎo)演的追悼會(huì)，在放映幻燈片期間，政客吞口重彥被殺。

柯南找來(lái)訂書(shū)機(jī)、剪刀和繩子后，就突然不見(jiàn)了蹤影，就在大家忙著找他時(shí)，一聲尖叫把所有人引到了再次被箭射穿窗戶(hù)的房間，繼而，柯南又不顧大家阻撓跑到樹(shù)林里，趁園子不注意的時(shí)候?qū)⑺樽恚杷谥笓]小蘭把兇手的殺人方法再現(xiàn)，將一切解釋清楚之后，就是揭穿兇手了，他就是……