元旦當(dāng)天，少年偵探團(tuán)一起到國(guó)立競(jìng)技場(chǎng)看足球決賽，卻看到l了足球被槍射中，這時(shí)，正在為天皇杯決賽進(jìn)行轉(zhuǎn)播的日賣電視臺(tái)，接到了歹徒索要五千萬(wàn)元的恐嚇電話，如果讓他發(fā)現(xiàn)比賽中止讓觀眾撤離的狀況，他將立刻對(duì)場(chǎng)內(nèi)的觀眾進(jìn)行掃射，電視臺(tái)依照歹徒的指示將錢袋準(zhǔn)備好之后就在周圍埋伏了帶待命的警官，然而警察只抓到了歹徒同伙，歹徒通過(guò)電話說(shuō)因?yàn)槿召u電視臺(tái)的報(bào)警所以要?dú)㈦u儆猴，情況愈發(fā)危機(jī)。

少年偵探團(tuán)從事務(wù)所的答錄機(jī)上聽(tīng)到天氣播報(bào)員淺野亞紀(jì)的留言，便私自決定代替小五郎去處理事件，來(lái)到電視臺(tái)后，亞紀(jì)熱情招待大家，還記下了柯南的call機(jī)的號(hào)碼，期間，亞紀(jì)接到了一通電話匆匆離去。在等待的過(guò)程中，柯南的call機(jī)收到了亞紀(jì)發(fā)來(lái)的留言，根據(jù)這些陸續(xù)發(fā)來(lái)的數(shù)字，大家推斷出亞紀(jì)一定是遇到了危險(xiǎn)，經(jīng)過(guò)反復(fù)推敲和琢磨，柯南終于明白了其中的含義，并按照這個(gè)訊息找到了被綁架的亞紀(jì)。

金恩離開(kāi)酒窖后，躲在煙囪中的灰原則依靠她變大的身體，爬到屋頂，然而剛給博士報(bào)完平安，她的身后就響起了槍聲，原來(lái)在酒窖里的時(shí)候金恩就發(fā)現(xiàn)了她。而另一邊，柯南也得知了殺害吞口重彥的兇手，也就是代號(hào)匹斯可的真實(shí)身份，在調(diào)查清楚灰原所在的位置后，柯南飛速趕到，就在金恩準(zhǔn)備射殺灰原時(shí)，柯南向金恩發(fā)射了一枚麻醉針，灰原趁機(jī)從煙囪返回酒窖，豈料待她蘇醒過(guò)來(lái)匹斯可已出現(xiàn)在她的面前……

學(xué)校里最近發(fā)生了很多詭異的事情，而且教導(dǎo)主任在沒(méi)請(qǐng)假的情況下也消失了好幾天，當(dāng)柯南向老師和校長(zhǎng)問(wèn)及此事時(shí)，大家也都避而不語(yǔ)，為調(diào)查真相少年偵探團(tuán)夜探帝丹小學(xué)，附有學(xué)生名字的娃娃，移動(dòng)的人體模型，窗戶后面的黑影，樓梯上的煙霧和扶手上的紅色顏料，以及自己班級(jí)里突然出現(xiàn)的十幾個(gè)黑影，雖然這一切看似撲朔迷離，但是真相只有一個(gè)。

大樓下面已經(jīng)被記者圍堵，目暮警官讓小五郎暫時(shí)引開(kāi)記者的注意，自己好帶土方幸三郎和沖田離開(kāi)，就在小五郎對(duì)記者透漏兇手是沖田時(shí)，柯南將他麻醉重新進(jìn)行了推理，并指出兇手另有其人，而這個(gè)人就是正在警方掩護(hù)下準(zhǔn)備離開(kāi)的……柯南當(dāng)著所有媒體的面揭穿了兇手并用找到的有力證據(jù)讓他認(rèn)罪。