柯南在從大阪回來的新干線中遇上了佐藤警官、高木警官。兩人正在押送毒品的秘密販賣者小倉。途中車內發現可疑的炸彈包裹。就在佐藤前去查看之時留下高木警官的時候，犯人小倉要求去廁所，卻在廁所中用刀刺自己的腹部身亡。而在調查的過程中佐藤發現小倉血跡的疑點，并推斷出這是他殺時間而非自殺。

旅館主人紫郎和弟弟金次迎接了來到“痊愈的森林”的柯南一行人，途中，柯南他們遇到了兄弟倆的父親龍藏，龍藏的蠻不講理讓柯南他們吃驚不小，但因牛奶投遞員藍子的出現，氣氛緩和許多。但就在幾小時后，龍藏在自己家被人殺害了。在調查現場后柯南找出了殺害龍藏的兇手，其實就是自己的親人，因為得不到父親贊同和支持而疼下殺手。

柯南和小蘭一行人受到園子的邀請，來到山里的度假小屋吹度山莊制作巧克力，正巧碰到了準備進入森林尋找日本野狼的新聞記者二垣，但到了飄雪的時候他還沒有回來，柯南和旅店的其他客人一起進入森林去尋找，然而找到的卻是陳尸雪地的二垣的尸體，他臉上的血跡被人擦掉，太陽眼鏡也被調整過，更奇怪的是在他的身旁還放置了亞子的巧克力。

小蘭抽空和園子一起去上陶藝課，柯南暗中尾隨但被人發現，之后便和小蘭她們一起做陶藝，這間陶藝教室除了擔任講師的美濃先生還有他的助手笠間菊代，這時，美濃的女婿素夫剛好回來，沒有想到在他回來沒有多久竟然不見了，最后大家在倉庫內發現了被人用領帶勒死的素夫的尸體。

小蘭的母親妃英理為一起殺人事件的被告作辯護。擔當公訴人的女士是把英理視為對手的九條玲子。宇佐美堅持殺人事件發生時什么都不記得了。英理等人到宇佐美前妻經營的酒店去調查。小五郎說事件發生時宇佐美也在店里，但英里以醉酒為理由對此抱有懷疑的態度。而在柯南的分析下英里發現40分鐘的空白時間。最終小五郎是否會出庭作證呢？