少年偵探隊為了看電影假面劍客的試映會，在有希子的帶領(lǐng)下來到東都現(xiàn)象所，可是由于某些原因，預(yù)定的試映時間必須向后延長，而有希子又要趕搭飛機(jī)先行離開，因此柯南等人就暫時留宿穗島先生家，沒想到的是在客廳沙發(fā)上睡覺的古村先生被不明人士用刀子刺向了心臟，當(dāng)場身亡。

終于到了正式盜取“藍(lán)色奇跡”這一天，鈴木博物館附近被人圍的水泄不通，而且次郎吉也加派了更多的直升機(jī)，柯南在樓頂?shù)却鲁霈F(xiàn)的時候發(fā)現(xiàn)樓上有兩道新的刮痕，這時，基德如約而至，雖然突降大雨但這絲毫沒有造成任何影響，看著基德一步步接近寶石，次郎吉卻淡定的說自己早有防備，他到底有何計劃？基德能否成功盜取寶石并順利脫身？柯南又會有什么樣的行動？

在園子的邀請下，小蘭和少年偵探隊來到奧谷湖舉辦的釣魚大賽，還在這里認(rèn)識了有奪冠資格的鲇川沙織、鱒渕拓也以及擔(dān)任自由作家的船木敏彥一行人，在第一天比賽結(jié)束后的夜晚，鱒渕和船木似乎為了什么事情在澡堂發(fā)生了爭吵，沒想到第二天上午，就在園子等人釣魚的附近，發(fā)現(xiàn)了船木的尸體，警方立刻介入調(diào)查，水井說半年前也曾有人死在那里，柯南認(rèn)為這絕不是巧合，而兇手恐怕就是鲇川和鱒渕其中之一。

為了送灰原去看病的柯南和阿笠博士，在東都百貨商店的地下停車場里遇到了殺人事件。被害者是和另三位擁有保時捷車的朋友打完高爾夫回去途中遇害的。目暮警官對這三個人進(jìn)行了詢問后發(fā)現(xiàn)三個人在案發(fā)時侯都有不在場證明。但是看到三個人的保時捷車內(nèi)的照片后的柯南發(fā)現(xiàn)了事情的真相。借助園子，柯南向眾人揭露了事件的真相。而兩名神秘也似乎找到了灰原所在之處？！

元太、光彥、步美目擊殺人事件。3人看見犯人要乘坐輕型卡車逃走，便潛入卡車跟蹤并聽見挖掘洞穴及埋東西的聲音。次日，柯南與小五郎造訪卡車的所有方的倉田運輸，開始調(diào)查。在調(diào)查之后眾人并沒有找到可疑的地方，之后柯南提議首先找到兇手隱藏尸體的地方，在不斷的尋找之后少年偵探團(tuán)的各位終于找到藏尸的地方而正在這時兇手出現(xiàn)，在眾人的齊心努力下，兇手終于被制服。