柯南、小蘭和小五郎一起去逛商場(chǎng)，沒(méi)想到書店附近傳來(lái)了一聲尖叫，只見(jiàn)一名男子渾身是血昏倒在地，接到電話的警方火速趕到并立刻封鎖現(xiàn)場(chǎng)，期間柯南和偶遇的灰原從一名小偷那里得知了歹徒的些許信息，之后，二人又對(duì)樓上的牙科診所進(jìn)行了調(diào)查，根據(jù)搜集到的信息，他們鎖定了目標(biāo)，就在歹徒企圖再次傷人時(shí)，警察及時(shí)趕到。

沒(méi)過(guò)多久本堂瑛佑再次找到小五郎說(shuō)他在網(wǎng)上發(fā)現(xiàn)了一件有趣的事情，于是就把他們帶到了鳥矢町，沒(méi)想到竟然在這里遇見(jiàn)了高木和目暮警官，他們正在調(diào)查一起兇殺案，死者是住在附近的船本太太，就在大家詢問(wèn)案情的期間，船本家的兒子透司說(shuō)兇手是一個(gè)穿著黑衣服的外國(guó)女人，難道是黑衣組織？這時(shí)，柯南突然想起這個(gè)小男孩就是曾出現(xiàn)在水無(wú)憐奈車禍現(xiàn)場(chǎng)的人。

雖然沒(méi)找到什么關(guān)鍵線索，但小五郎他們卻從當(dāng)?shù)厝丝谥械弥怂懒_神的傳說(shuō)，難道這一切都是死羅神的懲罰？次日一大早，新一就獨(dú)自前往日源村長(zhǎng)家，當(dāng)服部趕到時(shí)，竟然看到新一滿身是血的站在記者河內(nèi)深里旁邊，他深信兇手一定不是新一，于是在警察趕到前將他藏到了后車廂，并且還特意交代讓小蘭、和葉等人暫時(shí)瞞過(guò)警察，可小蘭卻突然跑進(jìn)了森林……

在去往餐館的路上，柯南和小五郎目睹了一起車禍，所幸受害者立松新三郎和小此木清隆都沒(méi)有生命危險(xiǎn)，本以為這是場(chǎng)單純的車禍，但有目擊者表示那輛肇事車并非偶然經(jīng)過(guò)，如此看來(lái)這是一起殺人未遂案件。隨后警察找來(lái)了小此木的外甥和她未婚妻一倉(cāng)分別進(jìn)行了偵訊卻并未發(fā)現(xiàn)異常，這時(shí)，“日本第一倒霉的男人”立松說(shuō)歹徒的目的是置他于死地，事情的真相果真如立松所說(shuō)嗎？

在FBI制定作戰(zhàn)計(jì)劃的同時(shí)黑暗組織就已經(jīng)展開(kāi)了行動(dòng)，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測(cè)敵人的意圖時(shí)，杯戶中央醫(yī)院突然涌來(lái)大波病患，這無(wú)疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫(yī)院陸續(xù)出現(xiàn)送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫(yī)院爆炸，后果不堪設(shè)想，柯南和赤井秀一又會(huì)采取什么行動(dòng)？