巡回劇團伊東玉之助一座再度來到米花鎮，這次演出的戲碼是《竹取物語》，然而飾演主角輝夜姬的片岡蓮華卻在公演當天被人綁架，警察也展開了緊密的搜查，柯南從歹徒傳來的影像中發現，這一切全都是蓮華一手導演，可是待柯南等人趕到囚禁室時卻沒有找到蓮華，反而看到斑斑血跡，看來在這之后她真的被人綁架了，與此同時，舞臺上的大幕也拉開了。

小蘭、柯南、服部以及和葉一行四人去看魔術師星河童吾的奇幻魔術秀，在表演水中脫逃的時候，和葉和小蘭以為魔術失敗，便沖向舞臺準備救人，卻沒想到這只是為了營造舞臺效果而做的表演。為表歉意，和葉和小蘭來到后臺，并在這里遇到范田和姬宮，原來他們都是十年前失蹤的魔術師正影的弟子，之后，他們四人受邀來到了正影家，可就在這短短的時間內竟然發生了命案。

在趕來支援的FBI的幫助下，柯南他們將獨自駕駛摩托的水無包圍，然而，馬路上卻出現了一個撿球的小男孩，為不傷害小孩，水無出車禍受傷。另一邊，今恩在水無換下的衣物里發現了粘在鞋底的發信器和竊聽器，便臨時決定變更目標向米花鎮駛去，柯南察覺到他們的行動，意識到小五郎性命堪憂，也匆匆趕往米花鎮，而此時黑衣組織已經瞄準了小五郎……

根據死者筆記的記載，怪盜基德也很有可能混在這次尋寶活動中，突然天降大雨，少年偵探隊進入了大宅院內機關重重的房子，元太認為寶物一定就在房屋的最高層，便急著前往，不想剛踏上樓梯就踩中了機關，所幸被屋子里的一位尋寶獵人所救，之后柯南等人與他一起行動，期間還碰到了另外兩位尋寶獵人，因為元太的粗心，大家掉落屋子的最底層，沒想到這里居然白骨遍地。

小五郎在樓下喝咖啡時，看服務員祥子心事重重的樣子，詢問得知，一個一直給她發MAIL的小男孩小滿，今天突然給她發了四封奇怪的訊息，想到小滿可能遇到危險，大家都十分擔心，可當務之急是確定小滿的位置，根據祥子提供的線索，柯南把目標鎖定在中洗、久更津和枯前崎三個地方，但打電話過去詢問卻并未查到他們的蹤跡，小滿到底出了什么事情？