就在光彥撥通報(bào)警電話(huà)之時(shí)，檢查的工人以小哀作為威脅，沒(méi)有辦法下光彥掛斷了求救電話(huà)。犯人們商議著要放棄贖金處理掉一切，少年偵探團(tuán)的各位陷入了危機(jī)，就在這時(shí)步美注意到柯南發(fā)出的信號(hào)，按照指示給依次給步美，柯南，元太和阿笠博士的手機(jī)打電話(huà)來(lái)分散犯人的注意力，但因?yàn)槁曇籼蠓炊l(fā)了犯人的注意。而此時(shí)犯人也發(fā)現(xiàn)了孩子們的計(jì)謀開(kāi)始尋找光彥他們，柯南利用麻醉槍也終于制符了犯人們。

案件終于有了眉目，就在柯南和大和針對(duì)謎題展開(kāi)討論時(shí)，高明從昏迷中蘇醒，三人一起計(jì)劃了一出空城計(jì)。他們故意對(duì)三個(gè)嫌疑人放出關(guān)鍵信息，引誘他前去直木司郎家找重要的證據(jù)，果然不所料兇手暗中潛伏在直木司郎家附近，為了讓狡猾的他放松警惕，柯南聯(lián)合小蘭、大和等人上演了一場(chǎng)能證明周遭沒(méi)有警察的犯罪戲碼，引誘兇手自投羅網(wǎng)。

阿笠博士的金龜車(chē)在半路拋錨，導(dǎo)致他和灰原只能在路邊等便車(chē)，碰巧這時(shí)來(lái)了一輛前往東京的車(chē)子，車(chē)主是一對(duì)古怪的情侶，并且灰原還在車(chē)內(nèi)發(fā)現(xiàn)了彈孔和血跡，更恐怖的是她聽(tīng)到這對(duì)情侶說(shuō)要找到柯南把他弄個(gè)半死之類(lèi)的話(huà)，驚恐的灰原趁機(jī)打電話(huà)向柯南求救，沒(méi)想到一直按照柯南指示的她竟然被這對(duì)情侶抓個(gè)正著，這兩個(gè)人是黑暗組織成員嗎？柯南又是出于什么原因讓灰原和博士乖乖被抓？

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個(gè)嫌疑人展開(kāi)詢(xún)問(wèn)，可是每個(gè)人都有不在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的證明，與此同時(shí)，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識(shí)之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當(dāng)柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時(shí)將高明救出，把他送到醫(yī)院的時(shí)候，小蘭對(duì)醫(yī)生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個(gè)問(wèn)題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！

小五郎受東山先生之邀來(lái)到獵戶(hù)座企劃公司，沒(méi)想到在這里打電話(huà)聯(lián)系東山先生的時(shí)候，竟然看到窗外有人墜樓而亡，警方立刻介入調(diào)查，死者名叫高幡，同是這家公司的職員，而當(dāng)時(shí)在公司的只有東山和另一名職員砂川七惠，但東山卻有充分的不在場(chǎng)證明。之后，隨警方來(lái)到高幡辦公室的柯南在這里發(fā)現(xiàn)了一些關(guān)鍵線(xiàn)索，即使案件多么錯(cuò)綜復(fù)雜但真相只有一個(gè)！