搞笑藝人廣松晨跑的時(shí)候發(fā)現(xiàn)了一具尸體，驚慌失措的他便匆忙報(bào)警，不想他這個(gè)第一發(fā)現(xiàn)者卻成了最大的嫌疑犯，因?yàn)槭w擺出的剪刀手正好與廣松的藝名一樣，高木警官了解案情之后，認(rèn)為自己的朋友絕對(duì)不會(huì)殺人。另一方面，柯南從死者的朋友那里得知了一些關(guān)鍵信息，于是在他的引導(dǎo)下，一心想要幫朋友洗清冤屈的高木警官推理出了這個(gè)讓人心酸的真相。

中午，昏昏欲睡的柯南和小五郎被樓下的一聲巨響驚醒，趕到現(xiàn)場(chǎng)后發(fā)現(xiàn)一名駕駛摩托車的年輕人出車禍而死，他的旁邊散落著大量現(xiàn)金，柯南還發(fā)現(xiàn)了一封信和一盒裝有注射藥物的盒子，根據(jù)信的內(nèi)容推斷出這是為贖一個(gè)叫堂本的人而準(zhǔn)備的現(xiàn)金，警方順藤摸瓜到了堂本家，家人也都肯定了堂本被綁架的事實(shí)，柯南從女仆那里了解到堂本家的內(nèi)部關(guān)系后，認(rèn)定這并不是一起簡(jiǎn)單的綁架案。

柯南等人掉落屋低之后，發(fā)現(xiàn)這個(gè)別館的地下居然是一個(gè)巨大的迷宮，大家團(tuán)結(jié)一致將衣服拆開，利用毛線引導(dǎo)道路，雖然走了很多冤枉路，但還是找到了出口。而此刻距離解謎的結(jié)束時(shí)間只有三個(gè)小時(shí)，這時(shí)，窗外的一束光給了柯南提示，他跑出東之天使那里，把找到的黑色水晶按放在相應(yīng)的位置，寶藏的所在也顯現(xiàn)出來(lái)，這時(shí)，時(shí)鐘不顧一切的沖向?qū)毑?，他到底是什么人?/p>

少年偵探隊(duì)按照暗號(hào)分別找到了剩下的兩個(gè)時(shí)光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來(lái)過而且最后一個(gè)發(fā)現(xiàn)的時(shí)光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……

警方對(duì)酒廠的所有人一一進(jìn)行偵訊后，卻并沒有發(fā)現(xiàn)時(shí)什么異常，但柯南卻提出了兩個(gè)疑點(diǎn)，即兇手為什么要把尸體搬走，又為什么在兩天之后暗中告訴警方尸體的位置。為了思考這兩個(gè)問題，柯南想破了腦袋，直到他從換班休息的酒廠老員工哲田那里得知了以前的事情，隨后他冒充小五郎打電話給警方，讓他們調(diào)查一件事情，結(jié)果正好證實(shí)了他的想法，兇手一定就是那個(gè)人！