小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅?；顒?dòng)規(guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費(fèi)住宿并可獲得一個(gè)包含某種病毒程序的磁盤(pán)。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話詢問(wèn)阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時(shí)柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請(qǐng)卻觀看夜景。就在這時(shí)暗夜公爵卻墜樓生亡！

小五郎三人陰錯(cuò)陽(yáng)差的搭上了簱本家的豪華游輪，并遇到新婚夫婦夏江和小武，這時(shí)，簱本當(dāng)家豪藏找孫女婿小武談話，他識(shí)破了小武是自己害死的對(duì)頭財(cái)誠(chéng)勇夫的兒子。當(dāng)大家都在餐廳用餐時(shí)，突然傳來(lái)管家鈴木的慘叫，豪藏遇害，大家把矛頭指向小武并將他關(guān)進(jìn)倉(cāng)庫(kù)，可是到了晚上，柯南又在夾板上發(fā)現(xiàn)了長(zhǎng)孫女秋江丈夫的尸體，被禁足的小武也不見(jiàn)了蹤影。

少年偵探團(tuán)到商場(chǎng)看假面超人秀。在回去的路上，元太為了拿回忘在商場(chǎng)里的假面超人簽名被關(guān)在了已經(jīng)打烊的店里。誰(shuí)知外表看似寂靜的百貨公司實(shí)際上卻一點(diǎn)也不安靜。戴著面具的人偶挾持了警衛(wèi)和工作人員！看似單純的強(qiáng)盜事件幕後竟還有共犯。遇上了強(qiáng)盜集團(tuán)的少年偵探團(tuán)正陷入極度的危險(xiǎn)之中！最終少年偵探團(tuán)的孩子們成功的化解了百貨公司的危機(jī)。

城中美術(shù)館冒出中世紀(jì)盔甲會(huì)自己走路的傳聞，引起了小蘭濃厚的興趣打算一探究竟，沒(méi)想到卻意外地發(fā)現(xiàn)美術(shù)館在一周后即將關(guān)閉。而購(gòu)買(mǎi)美術(shù)館的購(gòu)買(mǎi)者真中計(jì)劃將這里改造成酒店。小蘭一行在參觀地獄館的過(guò)程中發(fā)現(xiàn)真中被釘在墻上，而在回放錄像的時(shí)候發(fā)現(xiàn)竟然是展覽的盔甲將真中殺害！但在回放了錄影帶和勘察現(xiàn)場(chǎng)之后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法并找出了真兇。

放學(xué)后，光彥一伙兒聚在一起研究寬波段接受器時(shí)，無(wú)意中接聽(tīng)到了一個(gè)綁架恐嚇電話，大家都很擔(dān)心這個(gè)被綁架的女孩性命，便決定根據(jù)這通電話找到女孩，柯南根據(jù)歹徒陸續(xù)打給女孩爸爸的電話，和伙伴們一步步找到了被害人和歹徒的位置，成功解救人質(zhì)。