小蘭、園子和柯南三人滑雪時(shí)，意外的碰到小蘭的小學(xué)老師米原等人，并在他們的邀請(qǐng)下住進(jìn)了滑雪別墅里，當(dāng)晚，園子和米原被人襲擊，之后還發(fā)現(xiàn)了遲到的杉山被人勒死的尸體，他們?nèi)齻€(gè)人手上分別寫(xiě)著「美」「奈」「子」三個(gè)字，看到這些字下田回到自己房間躲起來(lái)，柯南和阿笠博士聯(lián)系后得知三年前杯戶(hù)小學(xué)發(fā)生過(guò)自殺案件，當(dāng)時(shí)自殺的學(xué)生就叫望月美奈子。

某天，小五郎，小蘭和柯南三人走到坂口家時(shí)，討論起了他的愛(ài)狗約翰和他八年前自殺的兒子，這是，突然沖出一名女子大喊小剛被約翰殺死，原來(lái)是坂口先生拜托小剛在他出差的時(shí)候照顧約翰，可沒(méi)想到能釀成這樣的悲劇，柯南在調(diào)查坂口兒子正人自殺的事時(shí)，發(fā)現(xiàn)正人的自殺和小剛有關(guān)，坂口成為最大的嫌犯，可他到底下了什么命令讓約翰襲擊小剛？

小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見(jiàn)了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽(tīng)到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開(kāi)新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車(chē)廂后，柯南對(duì)車(chē)廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無(wú)頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話(huà)提醒了他。

小五郎錄制全日本偵探社的錄制節(jié)目時(shí)，制作人諏訪被射殺，主持人松尾的嫌疑最大，因?yàn)樗巧鋼舾呤郑⑶宜诓シ艂商蕉唐乃姆昼妰?nèi)離開(kāi)過(guò)攝影棚，但柯南怎么也想不明白，他是如何在這么短的時(shí)間內(nèi)往返于九樓和四樓之間，在了解了大樓構(gòu)造后，柯南終于明白了兇手的伎倆，他麻醉了小五郎并借來(lái)攝像機(jī)，向全國(guó)實(shí)況轉(zhuǎn)播了小五郎的推理秀。

暮目警官趕來(lái)寺院展開(kāi)調(diào)查，就在大家一籌莫展準(zhǔn)備離開(kāi)時(shí)，獨(dú)自調(diào)查的柯南從被強(qiáng)大力量打破的墻壁、切口變形的走廊木板、被丟在樹(shù)林里的角窗碎片和膠帶中洞察到了兇手的犯案手法，以及兇手就在四個(gè)修行僧當(dāng)中，他用阿笠博士給他的紐扣擴(kuò)音器道出真相，而兩年前以同樣手法殺死修行僧忠念的居然另有其人。