紀曉嵐不肯循親枉法，力數薛大老板之罪狀，皇上無言以對，和巧言令色，深通馬屁術和離間術，莫愁聞知老夫人既是貪案的罪魁禍首，想到為此犧牲的黃克明，舉劍直指老夫人，并慷慨陳詞，欲報仇血恨，皇上深為震驚，迫于情勢，決定親自出馬，弄清案情，查明真相。 紀曉嵐與和天生一對冤家對頭，一旦相見，便免不了冷嘲熱諷。和建議以無關緊要的人物做替罪羊洗清柳志夫人的污點，紀曉嵐豈相從，柳志夫人痛訴多年來失子之痛，才為彌補失落感，用金錢報仇世人。皇上矛盾不已，紀曉嵐毫不手軟，斷然判案，不惜身家性命。柳志夫人自知罪孽重，不忍再為難皇上毅然服毒自盡。 一日，紫禁城內，君臣又聚在一起，為奶娘命案一事產生歧義，和深知此案頗多詭異，不愿輕易牽掛上身，紀曉崗卻明察秋毫，知此中大有文章，正欲深入調查，御醫呂長安卻越獄逃跑。

和珅將顏家平反的功勞全攬到自己身上，將紀曉嵐說的一無是處。如玉受到蒙騙，懇請和珅幫自己報仇。和珅將偽造的金煙桿交給如玉，讓其盜出真煙桿以陷害紀曉嵐。如玉讓戴沾里應外合，戴沾只得勉強答應。戴沾見如玉成功，為表示自己因為此舉而深感愧疚，要放棄修書。乾隆與和珅夜訪紀府，紀曉嵐在和珅的慫恿下拿出金煙桿，卻發現煙桿為偽造之物，紀曉嵐愕然。劉全建議和珅殺如玉滅口，以掩蓋煙桿之謎。和珅突然升起憐香惜玉之情。紀曉嵐為煙桿之事一籌莫展，隱隱感覺此事與和珅有關。從紀曉嵐口中得知戴沾已替自己攬下全部罪責，如玉頓時亂了方寸。戴沾表示自己并沒有認罪，如玉方才察覺自己已中了紀曉嵐的圈套。兩人爭相要替對方承擔罪責。如玉決定自首。一個殺手受劉全指使，謊稱替紀曉嵐來接如玉。如玉被帶至一荒廟。就在殺手要下手時，小月趕到，救出如玉，并告訴其和珅的真實面目，鼓勵如玉狀告和珅。

三個完全不同的陌路人各懷心思，只坐在同一張酒桌前。和大耍手腕，拼命拉攏迷惑對紀曉嵐產生誤解的小月，四姑娘則靜觀事態發展，伺機而動。 紀曉嵐明查暗訪，終于找到老病纏身、雙目失明的御醫呂長安。 福康安率大批官兵，興師動眾搜查德和堂藥鋪，一來是詢查呂長安下落，二來是關心丹藥的進展情況，與此同時，一對黑衣女子被小月、四姑娘發經過激烈打斗，小月被綁架。 小小的臨青州突然之間風云際會，幾路人馬蜂擁而至，勾心斗角。四姑娘伺機接近紀曉嵐，二人暗中較量，明里交鋒，紀曉嵐以詩作謎，透露煉丹藥的事，觀察四姑娘的反映，四姑娘如獲至寶，允諾立即釋放小月。 和以只談小月不談政事搪塞匆匆而至的紀曉嵐，紀曉嵐則有意遺下一紙短簽，告之呂長安藏身之地。 這天三更，紀曉嵐造訪德和堂藥鋪，向何掌柜指出煉丹藥的利害弊病，希望他以大局為重，出面保護老友兼親家的御醫呂長安。

了凡記錄下來的涉及徇私舞弊的人員名單顯示敏德正是首貪。看到確鑿證據，乾隆下令抓捕敏德。收到和珅的消息，敏德連夜逃走。紀曉嵐建議乾隆從嚴查處涉案人員以警示世人，并重新閱卷以示公正。趙新進看到自己榜上有名，欣喜不已。敏德借和珅之名要見紀曉嵐，紀曉嵐不知有詐，被敏德襲擊。關鍵時刻，趙青救了紀曉嵐一命，自己卻受傷。乾隆下令斬首敏德，并決定重開恩科。和珅依然擔任主考官。紀曉嵐帶小月去專賣應考用具的“連升店”，看到無奇不有的作弊工具，還有一間名為“獨占鰲頭”的書院。

紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。