在找到的眾多刀具中，并沒有發(fā)現(xiàn)婆婆半夜所打磨的刀，并且阿笠博士發(fā)現(xiàn)自己帶來露營用的錘子也不見了蹤跡，就在柯南思考兇手為何拿走錘子時，步美正準(zhǔn)備向魚缸里倒水，他也由此而注意到了水位的下降，斷定兇器就在魚缸中，那么兇手就一定是他！期間，柯南還發(fā)現(xiàn)了婆婆幾十年前就離家的孫子翔太，許久未見，孫子又會以什么樣的表情面對婆婆呢？

放課后，小林老師神神秘秘的讓同學(xué)們都離開教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發(fā)現(xiàn)黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個江戶川亂步迷老師的意圖，之后，同學(xué)們又紛紛從自己的抽屜里找到了數(shù)字和篩子的圖紙，柯南輕松看出暗號的所指，就在他要揭秘時卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學(xué)，沒有柯南的幫助，他們能否解開暗號找到老師呢？

警察分別對嫌疑人詠子、菊代和瀨川進(jìn)行了偵訊，可是每個人都有不在場的證明，這時，英祐突然發(fā)現(xiàn)自己與母親的合照不見了，于是柯南，小蘭陪他一起去泳池那邊尋找，看著鍛吾的死亡地點，柯南腦中重現(xiàn)當(dāng)時的情景，他將所有的線索連成一線，真相浮出水面，隨后，他用老方法讓小五郎沉睡，并指揮高木重現(xiàn)兇手所使用的手法，沒錯能這么做的只有那個人！

柯南等人急匆匆的跑去米花公園的池塘里看被人丟棄的咬人龜，期間，他們遇見一個冒牌飼主二本松，雖被識破但他還是用花言巧語騙過了光彥等人，可讓他沒想到的是池塘里居然會冒出四只咬人龜，不知出于什么目的，他決定全部收養(yǎng)，柯南覺得二本松的行為很可疑，于是就暗中進(jìn)行調(diào)查，發(fā)現(xiàn)他與一起搶劫案有關(guān)，可他為什么要領(lǐng)養(yǎng)咬人龜？

小林老師在圖書館里發(fā)現(xiàn)了一個牛皮錢包，那里放了小學(xué)一年級時小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書館遇到了一個自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個裝有暗號的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號的尋寶之旅！