宇佐美過(guò)去曾殺害過(guò)被害者的孩子。而喝醉酒的宇佐美對(duì)事件記憶不清，這樣為案件辯護(hù)的英理看來(lái)沒(méi)有勝望。小五郎雖是想證明宇佐美的不在場(chǎng)證明，卻作為檢察官方面的證人出庭。對(duì)疑點(diǎn)懷有疑問(wèn)的柯南讓小五郎作為辯護(hù)方證人再次出庭，進(jìn)行了新的推理最終指出了犯人的真實(shí)身份。美真治的嫌疑終被洗清。

柯南他們接受了委托，決定去解開(kāi)似乎與穿紅色夾克衫的自殺者有關(guān)聯(lián)的公文包之謎，在去葵屋旅館的途中，遇見(jiàn)了山村刑警于是一起前往。小五郎等人到達(dá)旅館后，卻聽(tīng)說(shuō)已經(jīng)有個(gè)自稱“毛利小五郎”的人先到了旅館，不久之后卻發(fā)現(xiàn)假冒的小五郎在自己的屋子里上吊死亡了。而在死者的隨身物品中有一份過(guò)期的報(bào)紙和夾在其中的頭發(fā)，在柯南的提示下小五郎解開(kāi)頭發(fā)的秘密慢慢接近真相。

倫太郎家的餐廳來(lái)了一個(gè)叫龜倉(cāng)雄二的人，在他以報(bào)恩為目的來(lái)到這里之后，倫太郎家原本的冷清的餐廳因龜倉(cāng)的努力而漸漸生意興隆起來(lái)，可倫太郎總覺(jué)得事情沒(méi)那么簡(jiǎn)單，便拜托少年偵探隊(duì)進(jìn)行調(diào)查。龜倉(cāng)以想菜單為由總把自己關(guān)在屋子里，這讓柯南等人覺(jué)得很可疑，這時(shí)，光彥想到了福爾摩斯里的紅番聯(lián)盟案件，于是大家便以這個(gè)案件為參考展開(kāi)了調(diào)查，柯南認(rèn)為光彥等人的推理都不可靠，然而事情的真相卻將柯南狠狠打擊了一番。

為了救被綁架的詹姆斯，少年偵探團(tuán)努力推理他留下的“P&A”的意思。步美把自己的偵探徽章留在了詹姆斯那里使眾人得到了詹姆斯的鎖在位置。他們還得到了佐藤警官等的幫助，向犯人發(fā)起追擊。而經(jīng)過(guò)推理，柯南領(lǐng)會(huì)到詹姆斯信息原來(lái)指的是自己被綁架到假冒的警車(chē)之中。而為了確保詹姆斯的安全，柯南眾人采取了非常的營(yíng)救手段。

小五郎等人乘坐B(niǎo)ONNET公交車(chē)，來(lái)到一個(gè)叫“影秋村”的地方，中途上同車(chē)的村民奧村喝了自己帶的茶后死亡了。小五郎和柯南自動(dòng)在“影秋村”展開(kāi)搜查。村民們就是否交給警察調(diào)查與警方發(fā)生了沖突。原來(lái)村民就是否將卡扭車(chē)作為觀光車(chē)分成了兩派而奧村作為反對(duì)派的代表同村長(zhǎng)為代表的贊成派一直有沖突。此時(shí)村長(zhǎng)船木出現(xiàn)并提出委托費(fèi)為100萬(wàn)日元的委托。之后柯南得知村子里7年前的事故。夜晚在尾隨塔子的柯南卻聽(tīng)到為了找他而進(jìn)入神社的蘭的尖叫聲！？