柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發現石灰已經用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發現一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發現了一具骸骨……

柯南醒來后發現自己身在一個狹小黑暗的空間里，眼睛漸漸習慣后他才發現自己被困在了棺材里，能聽到風聲這一點證明他還沒被埋起來，暈倒前的一幕幕也漸漸想了起來。毛利小五郎最近接到了一起案子，律師事務所保險柜被撬，存放在里面的遺囑不見了，這是過世的塘橋集團會長的遺囑，這件事與柯南的遭遇是否有聯系呢？

柯南等人幫助舊書店店主裕次郎搬運書籍，并在書店遇到了裕次郎的兒子一郎。一郎對于父親經營舊書店的事感到很不滿，爭執中眾人不歡而散。在光彥的帶領下，柯南等人來到了舊書店旁的公園，準備觀看蒸汽機車發動的場面，并在等待的途中偶遇了一郎。正當眾人與蒸汽機車合影完畢返回書店時，卻發現裕次郎被壓在了倒塌的書架下面……

17年前日本將棋四冠王羽田浩司遇襲案讓柯南非常在意，和他同日遇害的還有同一酒店的美國資本家阿曼達，柯南和灰原推測這是組織所為，但羽田浩司遇害時的房間卻不像是組織的一貫風格。地產公司社長被害時手里拿著阿笠博士發明的剪刀，目暮警官請阿笠博士來說明剪刀的用途看是否能為破案提供幫助，柯南注意到這次的案件卻與17年前羽田浩司遇害案非常相似。

這天，鐵頭、姜小牙和米小圈一起上學，當時三個人優哉游哉嘴里還啃著母親早上做的早餐，當時米小圈還抱著一個大熱狗，正吃得津津有味，忽然一輛大卡車直接沖著他們三個人過來，當時鐵頭和姜小牙嚇得哇哇大叫，米小圈離卡車最近，幾秒鐘的功夫，兩只眼睛一抹黑，直接栽倒在地上。等米小圈緩緩睜開眼睛，發現自己與死亡擦肩而過，卡車翻倒在他旁邊，恰好留下一個空隙，這個空隙中就有米小圈，真是萬幸中的萬幸啊，米小圈從驚懼中爬起身，不遠處，鐵頭抱著姜小牙也跌倒在地，姜小牙在地上坐起，發現自己在鐵頭的懷抱中毫發無損，頓時感激涕零，視鐵頭如再生父母，米小圈當場就語塞，平日里與鐵頭形影不離，關鍵時刻鐵頭卻選擇了保護姜小牙。當天，學校便因為鐵頭英勇救人的事情引起軒然大波，作為學校有名的通訊小記者何詩雨特意來到米小圈班級采訪調查，李黎艷羨地看著何詩雨，這個全校文明的小記者，不僅有傲嬌的外貌，并且頭腦及其靈活，每次寫出的采訪稿都能夠轟動全校，果真何詩雨采訪了米小圈班級同學，只撿對鐵頭有利的說，用生動形象的語言把鐵頭塑造成一個妥妥的小英雄。米小圈開始和鐵頭疏遠，鐵頭成了名人，卻一臉不開心，好像總是一副畏首畏尾的模樣，放學了，鐵頭拉