大筒木一族三人突襲中忍考試會場，目的是回收鳴人的尾獸查克拉重新種植神樹，煉制長生不老的丹藥。佐良娜險些被大筒木金武襲擊，佐助登場救女兒。鳴人被大筒木桃式一腳踢飛，博人用科學忍具接連反擊，力量卻被對方吸收據為已用。鳴人開啟九尾模式對抗大筒木，他守護村子的身影感化了博人。

博人拜師佐助受挫后找到了片助，在研究所他得到了一個科學忍具，利用科學忍具他在佐助面前使出了完美的螺旋丸，佐助雖然看破但卻沒有說出來。尋求查克拉的大筒木一族已經開始了行動，金式和桃式首先找到了八尾人力柱奇拉比。與此同時，中忍考試即將開始，博人和同伴們都在積極的準備。

孫堅死后，其子孫策（濮存昕飾）謀求大業，身居袁術帳下。孫策勝仗連連，居功至偉，但袁術生怕功高蓋主，對孫策異常冷落。孫策與遺臣程普、黃蓋商議后，決定用傳國玉璽跟袁術換得兵馬，進兵江東，力圖大業。在進兵途中，孫策遇到了結拜兄弟周瑜（洪宇宙飾），兩人決定合兵一處。孫策與周瑜商議先收攬江東才俊，然后攻陷劉繇。一翻大戰之后，孫策人才盡覽，立足江東，袁術悔之晚矣。

最近一連串的事件牽扯出了根的殘黨，佐井在秘密研究所找到了線索。與此同時，早已清楚真正犯人是誰的巳月向博人透漏了消息，但博人卻怎么也不愿相信，因為操縱暗影的竟然是他們的班長堇。在遭到佐井抓捕時堇召喚出了鵺，狂暴的鵺勢必會給村子帶來災難性的打擊，巳月接到的任務是殺掉堇從而停止鵺的活動，面對這種局面博人又會做出怎樣的選擇？

博人和鹿臺的勸說并沒有打動兩義，他們反而被兩義的冰遁困住，博人更是身中幻術對鹿臺大打出手。交戰中鹿臺看出兩義一直被幻術迷惑，解開幻術后兩義終于清醒了過來，這么多年來不惜淪落為棋子的他竟然一直在幫自己的仇人。