日暮警官有事求助于小五郎，最近一件殺人案讓他非?？鄲?。舞濱龍二是文學(xué)家靈岸雄高的外甥，靈岸先生在家被人謀殺，根據(jù)目擊者的證詞，警方鎖定犯罪嫌疑人就是舞濱龍二。但就在離起訴期只剩兩天的時(shí)候，舞濱龍二突然推翻之前的證詞，說靈岸先生被害那晚他正在自家附近實(shí)施入室搶劫，受害者的證詞也證明了這點(diǎn)。靈岸家與舞濱家距離有一個(gè)多小時(shí)的車程，舞濱龍二到底是怎么錯(cuò)過時(shí)間差實(shí)施殺人犯罪的，這讓日暮警官百思不得其解。

柯南等人來到方斗寺調(diào)查會預(yù)知未來的佛像一事，因天色已晚便決定在寺院內(nèi)留宿。正當(dāng)眾人享用晚飯時(shí)，突然從房內(nèi)傳出一聲慘叫，原來是正在房中念經(jīng)的住持被人殺害。毛利小五郎通過柯南在院內(nèi)找到的一些線索，推斷出了兇手的身份，然而正當(dāng)兇手跪地坦白自己的罪行時(shí)，柯南突然發(fā)現(xiàn)案件并沒有結(jié)束……

死者被殺時(shí)手里握著剪刀，尸體的傷口處還粘滿了蜂蜜，不僅如此，案發(fā)現(xiàn)場的水龍頭還一直開著，柯南和昴確定兇手就是零食店的仙波先生，但他們還一時(shí)半會兒找不到兇器。在詢問了保鏢后柯南有了一些線索，阿笠博士在院子里看到的成群螞蟻也為他們提供了幫助，兇手到底是運(yùn)用了什么手法來作案的呢？

根據(jù)死者背包中的贓物，秀一判斷該死者可能是一名搶劫犯，同時(shí)他發(fā)現(xiàn)還有一名嫌疑犯在逃。柯南在秀吉的幫助下帶來了三名有作案嫌疑的游客，經(jīng)過秀一的推理，真相很快浮出水面，警方也順利抓獲了犯罪嫌疑人。至此，柯南終于回憶起十年前與世良初次相遇的情景，同時(shí)他也意識到，世良可能已經(jīng)知曉自己的真實(shí)身份。

為了打開藏有珍貴月長石的機(jī)關(guān)盒，鈴木次吉郎準(zhǔn)備在鈴木大圖書館將機(jī)關(guān)盒展出，并邀請各界人士前來打開機(jī)關(guān)盒。同時(shí)，他也向怪盜基德發(fā)出了邀請，希望借此機(jī)會吸引基德并將其繩之以法。收到邀請函的基德如約而至，正當(dāng)眾人專心致力于打開機(jī)關(guān)盒時(shí)，基德已偷偷偽裝成其他人的模樣伺機(jī)以動。柯南能否順利找出基德真身？