柯南、小蘭和園子一起在天臺(tái)上等待看流星，和他們一起的還有三個(gè)東都大學(xué)研究所的學(xué)生，期間，野中和秋本去對(duì)面的電視轉(zhuǎn)播塔進(jìn)行攝影，臨走前秋本告訴他們會(huì)有人造衛(wèi)星經(jīng)過，讓他們注意觀測(cè)。過了一會(huì)，秋本從轉(zhuǎn)播塔那邊回來，留下野中一人攝影，就在大家看向?qū)γ娴臅r(shí)候，野中從塔上墜落，趕到現(xiàn)場后，他已氣絕身亡，這到底是意外事故還是有人蓄意謀殺？

柯南等人搭乘環(huán)形電車的時(shí)候，突然從二號(hào)車廂里傳來慘叫，一名女子橫尸車廂，發(fā)現(xiàn)尸體的是死者的三名同事，柯南注意到死者耳朵發(fā)黑并且有被針狀物刺過的痕跡，由此推斷是被人毒死的，警察趕到后對(duì)死者的三名同事進(jìn)行偵訊并檢查了他們的物品，柯南發(fā)現(xiàn)其中一人物品很是可疑，沒錯(cuò)，兇手就是她！柯南已將謎底已經(jīng)解開。

園子和小蘭購物結(jié)束坐公交的時(shí)候，有一位自稱是設(shè)樂的老人坐在了小蘭旁邊，他說自己認(rèn)識(shí)小蘭并打算去趟毛利偵探事務(wù)所，聊著聊著小蘭睡著了，醒來的時(shí)候老人已經(jīng)離去，可是小蘭卻很擔(dān)心老人的安危，執(zhí)意要去公車站找老人，這時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)小蘭的包里多了一張磁片，這張機(jī)密磁片的內(nèi)容到底是什么？老人又到底去了哪里？

就在警察找不到任何線索想要以自殺結(jié)案時(shí)，柯南把在案發(fā)第一現(xiàn)場找到的領(lǐng)帶別針交給警方，這就推翻了自殺的說法，但想要抓到兇手，還需要找到更加有決定性的證據(jù)。這時(shí)，柯南注意到了在案發(fā)現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)的繩子，他突然想到什么，就跑到旁邊的枯井，一切不出他所料，兇手就是那個(gè)人，他再次將小五郎麻醉，揭秘流傳至今的五重塔傳說以及兇手！

柯南等人來到一所蓋有五重塔的鄉(xiāng)間寺廟，因?yàn)檫@里要開發(fā)觀光而導(dǎo)致寺方和觀光公司產(chǎn)生了爭執(zhí)，次日，觀光公司的社長小田英明被人發(fā)現(xiàn)尸體吊在五重塔的尖端，就好像五重塔的傳說一樣，凡是破壞寺廟戒律，都會(huì)嘗到惡果。在對(duì)尸體及其周圍調(diào)查后，柯南找到了真正的案發(fā)現(xiàn)場。