柯南隨小五郎參加「名偵探小五郎推理公館」電玩游戲的發(fā)布會時，碰到了游戲制作公司滿天堂的三名員工中島、上田和竹下，三人慌亂的存放行李后，趕往會場，期間，柯南偶然聽到一高大黑衣男子的通話，并從中得知此人和黑衣組織有關，可還沒能得到更多的信息，黑衣人就被炸死，一番推理后，柯南發(fā)現(xiàn)這是意料之外的殺人事件，柯南能否得到更多的關于黑衣組織的線索？

柯南、小五郎和小蘭驅車去北海道看丹頂鶴，偶然認識了飼養(yǎng)丹頂鶴的大伯，他邀請柯南他們去自己家入住，大伯的弟弟阿保熱情招待他們，就在這個時候大伯的兒子阿浩和女兒則子為財產的事兒而來。之后，柯南等人一起去泡了溫泉，回到屋子的時候發(fā)現(xiàn)大伯被人用十字弓射殺，而阿浩則跑去警局自首，但柯南依據(jù)自己對現(xiàn)場的勘查認為兇手另有其人。

某天，小五郎，小蘭和柯南三人走到坂口家時，討論起了他的愛狗約翰和他八年前自殺的兒子，這是，突然沖出一名女子大喊小剛被約翰殺死，原來是坂口先生拜托小剛在他出差的時候照顧約翰，可沒想到能釀成這樣的悲劇，柯南在調查坂口兒子正人自殺的事時，發(fā)現(xiàn)正人的自殺和小剛有關，坂口成為最大的嫌犯，可他到底下了什么命令讓約翰襲擊小剛？

兇手看似打破窗戶逃了出去，但柯南和服部發(fā)現(xiàn)兇手就在屋內，并且否定了兇手是老板的猜測，而剛才的停電也是人為的。期間，服部一直很在意柯南的種種反應，對柯南產生了懷疑。事件漸漸明晰，服部和柯南知曉了兇手是誰以及他殺死老板和綾子的手法。為了保護自己是工藤的秘密，柯南將服部麻醉說出真相，可讓他沒想到的是，就是這個舉動讓服部肯定了柯南就是工藤。

因洋子推薦慈善高爾夫大會，小五郎抓緊練習，而在高爾夫球場還有其他一行人打球，分別是某開發(fā)部的經(jīng)理橘、課長安井、主任大久保和社員南，橘和安井的技術非常好，安井將球打完后，休息了一會兒便離開了，這時，球場突然發(fā)生爆炸，橘死亡，除離開的安井外，其他兩人均受傷，小五郎順利的推理出兇手就是安井，但柯南確認為真兇另有其人……