在從伊豆回來(lái)的路上，因?yàn)樾∥謇傻能?chē)子出了故障，柯南等人借住KURON健康器具公司的山莊。而此時(shí)，山莊里的3人正在新制品藥物社內(nèi)研究的關(guān)鍵時(shí)刻。第三開(kāi)發(fā)部部長(zhǎng)平松正樹(shù)的制品馬上就要被采用了，然而社長(zhǎng)梅谷四郎被刀刺傷，并平松也遭遇車(chē)禍身亡。看似事故的現(xiàn)場(chǎng)柯南卻有著不一樣的看法。

小五郎受委托調(diào)查游戲軟件工程師板倉(cāng)死亡。目暮警官斷定是心臟病發(fā)作的殺人事件。小五郎懷疑三名委托人是嫌疑犯，但沒(méi)有證據(jù)。柯南為了得到記錄著黑色組織線索的被害者日記磁片，急于解決事件。但一直沒(méi)有機(jī)會(huì)。而在案件調(diào)查方面最終在看到不自然的圍棋盤(pán)之后柯南得知死者留下的死前訊息并指出了兇手的所在。

園子的大伯次郎吉因?yàn)楣直I基德曾經(jīng)搶了他大出風(fēng)頭的機(jī)會(huì)，而一直耿耿于懷，便不惜人力物力發(fā)誓抓住基德，他以“藍(lán)色奇跡”為誘餌高調(diào)的在報(bào)紙上向基德下戰(zhàn)書(shū)，不想基德居然回應(yīng)了他的挑戰(zhàn)，并說(shuō)自己會(huì)走著去盜取“藍(lán)色奇跡”，在正式盜取之前，基德先前往博物館查看地形，面對(duì)層層包圍的警察和直升機(jī)，他就這樣突然懸浮在空中出現(xiàn)在眾人面前，不但如此，他還在沒(méi)有任何設(shè)備的狀況下，泰然自若的在空中漫步。

步美偶然撞上的殺人魔在逃。根據(jù)在她手上留下的痕跡，柯南和佐藤警官確定了犯人所乘車(chē)輛的車(chē)種，之后緊急拘捕了3名嫌疑者。因?yàn)榉溉丝赡艹钟姓囱蔫€匙，柯南推測(cè)鑰匙孔里會(huì)有血便請(qǐng)求測(cè)試熒光反應(yīng)，但是竟然都沒(méi)有檢測(cè)出反應(yīng)！就在這時(shí)柯南發(fā)現(xiàn)了犯人躲避檢測(cè)的發(fā)法，在柯南的協(xié)助下警方終于逮捕了犯人。

在警方調(diào)查的過(guò)程中，他們還在下鴨的房間發(fā)現(xiàn)了一盤(pán)由絹川和輝主演的錄影帶，本來(lái)想看看其中有什么線索，不想小五郎和橫溝警官還很入戲的看完了，但柯南卻注意到了被他們所忽略的細(xì)節(jié)，這時(shí)，有鑒識(shí)人員說(shuō)兇手在勒死下鴨之前曾用蓬蓮頭敲打他的頭部，柯南根據(jù)這些判斷出兇手是誰(shuí)以及她所使用的兇器，之后，他又使用老方法將小五郎麻醉，在指示了橫溝警官做好相應(yīng)準(zhǔn)備后，一場(chǎng)精彩的推理就要開(kāi)始了！