在案件調(diào)查過(guò)程中小蘭對(duì)柯南的身份起疑，于是，她緊盯柯南的一舉一動(dòng)，就在她向新一的手機(jī)發(fā)送信息想要證實(shí)自己的想法時(shí)，狩谷家的門(mén)鈴再次響起，可門(mén)口卻沒(méi)有人，仆人說(shuō)這種惡作劇時(shí)常發(fā)生。之后，警方又對(duì)家中的三個(gè)嫌疑人進(jìn)行偵訊，并在柯南的引導(dǎo)下推理出了事情的真相，沒(méi)想到兇手竟然與12年前的案件有關(guān)聯(lián)。

搞笑藝人廣松晨跑的時(shí)候發(fā)現(xiàn)了一具尸體，驚慌失措的他便匆忙報(bào)警，不想他這個(gè)第一發(fā)現(xiàn)者卻成了最大的嫌疑犯，因?yàn)槭w擺出的剪刀手正好與廣松的藝名一樣，高木警官了解案情之后，認(rèn)為自己的朋友絕對(duì)不會(huì)殺人。另一方面，柯南從死者的朋友那里得知了一些關(guān)鍵信息，于是在他的引導(dǎo)下，一心想要幫朋友洗清冤屈的高木警官推理出了這個(gè)讓人心酸的真相。

警方并沒(méi)有找到柯南等人看到的當(dāng)時(shí)那名男子所穿的灰色外套和背包，就在高木和佐藤準(zhǔn)備離開(kāi)的時(shí)候，已經(jīng)知道兇手手法的柯南有意向他們做出暗示，根據(jù)柯南的提示警方破解了兇手制造不在場(chǎng)證明的手法，因此，加藤終究難逃法網(wǎng)。破案之后，高木警官?zèng)Q定在離開(kāi)之前向佐藤警官表白，可是話剛到嘴邊，目暮警官就突然出現(xiàn)并告訴他……

緊張的氣氛不僅圍繞在賽場(chǎng)上，在場(chǎng)下尋找另一支寫(xiě)有其他線索手機(jī)的柯南、服部和大龍警官也正在絞盡腦汁的破解暗號(hào)，柯南還特意借來(lái)小五郎的收音機(jī)以方便了解賽場(chǎng)上的情況，所幸在第二支手機(jī)響起之時(shí)被服部順利找到，可接下來(lái)等待他們的卻是另外一組費(fèi)解的數(shù)字，經(jīng)過(guò)商量，三人決定分頭行動(dòng)，雖然最終還是找到了第三只手機(jī)，但里面的所留下的線索只有一個(gè)括號(hào)和數(shù)字13，柯南和服部能否解開(kāi)這個(gè)不同于前兩次的數(shù)字暗號(hào)？

為調(diào)查真相，柯南又重返兩個(gè)案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)，沒(méi)想到會(huì)有新的發(fā)現(xiàn)，他從鑒識(shí)人員那里得到了小提琴琴橋以及指揮棒的尖端，只要有這兩個(gè)東西，蓮希奶奶自殺的結(jié)論就可以被推翻，柯南依舊利用老方法把小五郎麻醉，將四名最有嫌疑的人叫道蓮希奶奶死時(shí)所在的房間，將兩年前以及今天所發(fā)生的慘案真相一一道出……