緊張的氣氛不僅圍繞在賽場上，在場下尋找另一支寫有其他線索手機(jī)的柯南、服部和大龍警官也正在絞盡腦汁的破解暗號，柯南還特意借來小五郎的收音機(jī)以方便了解賽場上的情況，所幸在第二支手機(jī)響起之時(shí)被服部順利找到，可接下來等待他們的卻是另外一組費(fèi)解的數(shù)字，經(jīng)過商量，三人決定分頭行動，雖然最終還是找到了第三只手機(jī)，但里面的所留下的線索只有一個(gè)括號和數(shù)字13，柯南和服部能否解開這個(gè)不同于前兩次的數(shù)字暗號？

這天小五郎回到事務(wù)所后小蘭告訴他說說英理前來拜托希望在她出門的這段時(shí)間里可以把這只名叫五郎的俄羅斯藍(lán)貓寄養(yǎng)在事務(wù)所。小蘭把貓咪五郎托給小五郎照料后便去上學(xué)了。在她走后，有一個(gè)自稱為桐下的男人來到了事務(wù)所。桐下拜托小五郎幫忙解讀自己女兒誤發(fā)來的手機(jī)短信。因?yàn)槎绦诺膬?nèi)容像是什么暗號，桐下無法破解其中的含義。而在貓咪的提示之下小五郎也發(fā)現(xiàn)了暗號的意義。

玉之助因?yàn)槭治諆雌鲙е秩嗣婢呋璧乖诜赴脯F(xiàn)場而被警察抓走，另一邊接受調(diào)查的贊助商羅臼卻說是玉之助將他邀約出來，這就造成兩人的證詞相互矛盾。柯南在屋頂發(fā)現(xiàn)了擴(kuò)音器，真相漸漸明晰，這時(shí)，警局又傳來消息說確定羅臼就是兇手，因?yàn)樵诠照壬习l(fā)現(xiàn)了他的指紋，并還發(fā)現(xiàn)了投影機(jī)之類可以幫助犯案的東西，雖然如此但柯南卻肯定兇手并非羅臼。

大家找到校長詢問他下雨的時(shí)候是否出現(xiàn)在操場，沒想到卻得到了否定的回答，為了證實(shí)校長的說法，柯南又來找了在保健室休息的世古國繁，因?yàn)樗c保坂從小一起長大，所以又了解了更多關(guān)于保坂的事情，這時(shí)，小蘭在走廊的木板上發(fā)現(xiàn)污漬，柯南將這些污漬與操場上出現(xiàn)的刮痕相聯(lián)系，沒錯(cuò)，制造靈異事件的就是那個(gè)人!

園子拉著小蘭和柯南去蛋糕博物館吃半價(jià)蛋糕，在這里每個(gè)師傅都有自己的廚房，參加比賽百戰(zhàn)百勝的前田、蛋糕王子藤野以及糖果魔術(shù)師森本都忙著為客人準(zhǔn)備甜點(diǎn)，期間，柯南還在藤野那里嘗試了做木頭蛋糕，就在藤野修飾好蛋糕拿給柯南吃的時(shí)候，店里卻發(fā)生了兇案，死者是蛋糕店長橋垣，而嫌疑最大的就是這三個(gè)蛋糕師傅，但警方卻苦于找不到兇器，隨后柯南對每個(gè)人的廚房進(jìn)行調(diào)查卻發(fā)現(xiàn)……