魏軍與蜀軍交兵于祁山，司馬懿（魏宗萬飾）屢次中計，于是閉門不出，以逸待勞。劉禪恢復了諸葛亮丞相的職位，但這時諸葛亮的身體已經大不如前。諸葛亮設計引魏軍出戰，司馬懿與諸葛亮斗智斗勇，知道這是諸葛亮的誘敵之計，于是分兵兩路夾擊蜀軍，諸葛亮也做好了周密的部署，分兵四路對抗魏軍。此時魏延（王心海飾）已經有了反心。魏軍慘敗。諸葛亮卻重病倒下，全軍撤回漢中。一年后魏軍率兵四十萬直逼漢中，諸葛亮訂下退敵之策準備再出祁山。連降秋雨，魏軍冒雨而退，諸葛亮乘勢再出祁山。

劉曄向曹操（鮑國安飾）獻計：借安撫民心，招降劉備（孫彥軍飾），可不戰而勝，并讓徐庶前去游說。徐庶和劉備等人談笑敘舊，并告知曹軍近況。劉備挽留徐庶，徐庶謝絕并稱終生不為曹操獻計。諸葛亮（唐國強飾）獻計讓百姓自愿跟隨劉備離城避難。百姓隨劉備渡江來到劉琮處避難，蔡瑁卻放箭驅趕百姓。魏延開城門請劉備入城，被文聘阻攔。劉備率眾人離開。蔡瑁把城池獻給了曹操，曹操處死了劉琮及其母親，曹軍追上劉備，劉軍將士與百姓傷亡慘重。張飛（李靖飛飾）立于當陽橋揚塵以作疑兵，保護劉備，并看到趙云帶回劉備之妻。趙云孤身返回曹軍重圍，找到劉備妻兒。劉備之妻受傷，為不拖累趙云，投井自盡。趙云懷抱阿斗，以墻土掩埋其井。

魏王病逝，曹丕（楊俊勇飾）繼位，曹彰率十萬兵馬前來奔喪，曹丕知道來者不善，派賈逵為說客，設計收繳曹彰兵馬。十月，曹丕逼漢獻帝退位，封漢獻帝為山陽公，自稱大魏皇帝。漢中王劉備（孫彥軍飾）聞知漢獻帝被逼死，痛苦終日，憂慮成疾不能理事。諸葛亮（唐國強飾）與眾臣商議，言天下不可一日無君，奏請劉備繼位。諸葛亮故此托病不出，劉備前來探望，諸葛亮借此勸得劉備繼帝位。建安二十六年四月，劉備稱帝于成都，改年號為章武。元年七月，為報關羽被害之仇，劉備下命率兵七十萬攻東吳。

孟獲回去后讓其弟孟優向蜀軍詐降，諸葛亮（唐國強飾）將計就計款待孟優，設下伏兵等侯孟獲，孟獲夜襲被再次生擒。孟獲等人被再次放回，不料自己的營寨已被蜀軍占領，只好逃到其夫人營寨。孟獲起兵來犯，諸葛亮暫避其鋒芒。諸葛亮設下空營，孟獲以為蜀國受敵便急追回撤的蜀軍，豈料又中了蜀軍重重埋伏，最后被生擒。孟獲不服，再次被放，投奔了朵思大王。蜀軍山林行軍，口渴時誤飲毒泉之水，部分將士中毒，口不能言。諸葛亮親自走訪，終遇一位高人，才得知此處安樂泉水可解此毒。此高人乃孟獲之兄孟節，他對孟獲不從王化很是氣憤，并幫助蜀軍安全渡過各種毒泉、毒氣等有害之障。孟節還告訴諸葛亮楊鋒與孟獲有不解之仇。楊鋒率兵假借幫助孟獲而接近他，趁孟獲不備，將其生擒，送于諸葛亮。孟獲仍是不服，諸葛亮很是氣憤，但為收其心，再次放之。

孫權（吳曉東飾）請諸葛亮（唐國強飾）議事，諸葛亮稱曹兵有百萬雄師，不如量力而行，以求茍活。孫權大怒，拂袖而去。魯肅告訴孫權諸葛亮其實已有破曹之計，孫權恍然大悟是自己器量太小，于是后堂請諸葛亮細談軍事。戰與不戰孫權最終請周瑜（洪宇宙飾）來做決定。周瑜欲與曹操一戰決心已定，但為試探諸葛亮，表面還是欲降。諸葛亮用周瑜之妻小喬（何晴飾）為計，激怒了周瑜，于是周瑜決定來日便跟孫權提起兵抗曹之事。