光彥暑假沒有來做廣播體操，柯南他們造訪光彥家，得知光彥一早就出去一個人去野營。實在沒有理由來解釋光彥的單獨行動。柯南他們一路上問過去，才知道光彥搭乘巴士與電車來到群馬縣的一個小站。而且似乎是進入了森林。柯南他們用追蹤眼鏡開路，卻遇到了群馬縣的警察他們。柯南他們得知之前連續(xù)殺人犯沼淵己一郎也逃到這個森林中，不由得為光彥擔心起來！

小五郎帶著小蘭和少年偵探團的孩子們來到被稱為地球遺產的人造木屋的集落·鬼澤鄉(xiāng)去觀光。這個村莊里最近流傳著小孩幽靈的傳言。而到了夜里，柯南他們?yōu)榱舜_認幽靈而出去散步的時候，步美卻和少女幽靈相遇了暈了過去！而對于步美的發(fā)現(xiàn)村子里的人卻極力否認，到底是幽靈少女還是真有其人？

從現(xiàn)場調查回來以后，柯南已經知道了兇手的犯案手法并且還找到了決定性的證據(jù)，萬事俱備，柯南用花言巧語讓小五郎做了特別辯護人，開庭前柯南還在妃英理面前重現(xiàn)殺人手法。妃英理和九條的對戰(zhàn)再度打響，柯南本想讓小五郎自己發(fā)揮，可他卻越幫越忙，于是，柯南以慣用手法將他麻醉，在法庭上揭露真兇。

無法渡海，大家只能暫時待在鎮(zhèn)長家的廢棄別墅里，然而干坐在這里等救援還不如對這棟房子進行一番調查，于是 ，大家就分組行動，柯南和服部等人在一樓的房間里發(fā)現(xiàn)了鎮(zhèn)長和他女兒的照片以及房梁上一些莫名其妙的文字，突然間，二樓傳來慘叫，久米不知為何在看到鎮(zhèn)長女兒的肖像油畫后就變的很反常，這時，救援船趕來，可船上卻只有一具船長的尸體和一行字句，事情變得越來越奇怪了。

妃英理律師與號稱美女檢察官的九條對簿公堂，本案的被告入室盜竊被屋主發(fā)現(xiàn)，當他們扭打的時候，被告人不慎失手將屋主殺死，但九條卻認為被告是蓄意謀殺，甚至想以強盜殺人的罪名讓被告入罪，面對咄咄逼人的檢察官，妃英理勢必會陷入一場硬戰(zhàn)。為幫助妃英理，柯南和小五郎前往案發(fā)現(xiàn)場重新調查，他們竟然在這里發(fā)現(xiàn)了一條關鍵線索。