孫策（濮存昕飾）占領江東后，聲勢大震，常有攻打許都之心，許貢告密于曹操，被孫策兵馬抓獲。孫策與張昭游街的時候，遇見被民間稱為“神仙”的于吉，見城中百姓皆行跪拜之禮，大怒。在出城散心中碰到殺手，被刺傷。不久孫策傷勢見好，于吉又在城中施符水，正巧孫策正在召眾臣商討討伐許都之事，遂勃然大怒，一劍刺向于吉。于吉死后，孫策不久傷口復發而亡，其弟孫權統領江東。

曹操（鮑國安飾）為除后患密謀要殺劉備，陳登識破此計看穿，助劉備奪回徐州。但是曹操兵多將廣，劉備憂心忡忡。陳登獻計求北方袁紹出救兵以夾擊曹操。袁紹生性優柔寡斷，暫未出兵。經眾大臣商議，最終袁紹聽從許攸直言，發兵曹操。曹操亦不示弱，一方面派兵在徐州虛張聲勢，另一方面起兵抵抗袁紹。劉備（孫彥軍飾）識破曹操軌跡，派關羽張飛生擒對方敵將。

三人小隊集合的時候博人遲遲沒有來，巳月在與佐良娜閑聊的時想起了以前的自己。從病床上醒來的巳月完全不記得從前的事情，大蛇丸過來告訴他一個叫羅古的忍者奪走了他的記憶，而自己則是他的至親。雖然巳月心存疑慮但還是選擇相信了大蛇丸，但當他揭開羅古的面具后卻再次陷入了迷茫。

秦慶童偷偷向曹操（鮑國安飾）報信說：吉平、董承、王子服等人密謀殺害曹操。曹操詐病，識破了吉平欲毒害自己的計策，而后捉拿了王子服、董承并殺害。曹操挾持了漢獻帝。曹操派兵攻打劉備（孫彥軍飾）。袁紹不愿聽孫乾的建議，偷襲曹軍救天子解徐州之難。曹軍行進中旗桿被風吹斷，軍中謀臣推測劉備必來劫營，即設下圈套。劉備和張飛劫營中計，生命不知。曹軍圍困關羽，張遼趁機說動關羽。關羽與曹操約定三事后，見了曹操，但得知劉備生死不明時，心中生疑。

佐良娜、博人、新希展開決賽混戰，佐良娜和博人聯手對抗新希攻防一體的忍術“黑鐵乃掌”，用雷遁手里劍攻擊新希卻傷不了對手分毫。新希反擊用黑鐵困住佐良娜和博人，佐良娜被黑鐵乃翼重傷倒地，博人為了證明自己使用科學忍具贏得比賽，鳴人親手揭穿兒子的作弊行為。幕后推手片助博士登場，博人意識到自己被人利用，隨后意想不到的人物出現了。