少年偵探隊按照暗號分別找到了剩下的兩個時光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來過而且最后一個發(fā)現(xiàn)的時光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……

警方在露天澡堂里找到了殺死兩人的兇器神刀以及一條沾有血跡的浴巾，隨后警察又對旅館里有犯案嫌疑的人逐一進行偵訊，柯南也獨自展開了調(diào)查，他雖然發(fā)現(xiàn)了安西繪麻死亡現(xiàn)場雪的深度有所不同，但還是不能解開為何只留下了一串腳印的謎題，就在這時電視上的滑雪大賽給了他啟發(fā)，如果兇手采用那種手法，那么，這一切謎題也就迎刃而解。

警方調(diào)查期間本山總是鬼鬼祟祟的像是在謀劃著什么，他提議大家一起去吃飯，然后又謊稱自己有東西落在了車上，返回座位偷偷拿走了小蘭裝在包里的網(wǎng)球，然而暗自慶幸計劃成功的本山還不知道，這時的警方和小五郎早在柯南的提醒下，知道了他就是兇手以及他的作案手法，于是，大家暗中尾隨他來到機場，在他企圖逃逸之前將他的罪行揭穿！

倫子在密室中上吊死了。群馬縣的山村警官認為這是一起偽裝成自殺的密室殺人案而展開了搜查，并向純，享，耀治等人詢問情況。而三人案發(fā)時看起來也沒有什么異常。之后柯南留意到只有書架上的百科辭典沒有按卷數(shù)依次擺放的細節(jié)并找到了隱藏在書架里的密道并已毛利小五郎的省份給山村警官發(fā)送了提示短信最終將犯人抓獲。

少年偵探隊放學去游戲軟體公司詢問第二天新游戲發(fā)售的事情，沒想到元太因為著急想上廁所而沖進了董事長的辦公室，慌亂之中還拿走了新游戲的碟片，這讓董事長很是緊張，因為碟片里是他殺人的影像，柯南碰巧看到董事長追元太等人的時候身上帶了手槍，意識到元太他們有危險，便在董事長身上裝了竊聽器，他聽到董事長讓一個叫BEE的人追殺元太，這個BEE到底是誰？元太他們又能否成功脫險？