半年前毛利小五郎去杯戶北町工作時，碰巧遇到了一起事件。名為桐崎禮美的女性被發現吊死在自己的公寓中，因為房東和桐崎的鄰居惠小姐都能證明她有自殺的傾向，外加她還留有一封遺書，所以事件被當做自殺處理。桐崎的死讓惠小姐非常自責，而小五郎的話讓她重新振作了起來，為了感謝小五郎才有了今天的約會，但在約會中柯南卻看出那起案件的隱情。

柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發現石灰已經用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發現一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發現了一具骸骨……

練習空手道的京極曾在幼時受到高見達人的指點，高見老師的教誨才成就了如今的京極，京極拜訪老師道館的時候園子拖著柯南也來參觀。高利貸催款的人來到了道場，得知老師要賣掉道場引退后京極非常反對，京極出去沒多久就聽到了玻璃破碎的聲音，一行人沖出去后發現道館內寶貴的黑帶不見了。

柯南從無人機上墜落后便失去了犯人的線索，就在眾人一籌莫展的時候佐藤警官打來電話，她稱發現了犯人。佐藤警官上前拘捕犯人卻反被挾持，柯南和高木等人趕到后協力制服了犯人，但手提包內的1億日元卻不翼而飛。另一方面，本該被綁架的麻奈美小姐正在美術館欣賞裕之的作品，而這背后到底是誰在搞鬼？

混凝土殺人事件還未解決網上就已經鬧得沸沸揚揚，說是案件真兇是外星人而警察在故意隱瞞外星人的存在，將案件告訴過毛利小五郎的千葉警官為此被訓斥了一番。柯南可以確定的是這起案件是人為的殺人事件，在走訪犯罪嫌疑人朽木后柯南有了線索，到底朽木是用什么方法殺了被害人呢？