發(fā)燒的小哀醒過(guò)來(lái)發(fā)現(xiàn)阿笠博士倒在了電腦之前，正當(dāng)小哀以為教授被黑衣人殺害的時(shí)候發(fā)現(xiàn)只是誤會(huì)。之后柯南，小哀和阿笠博士去拜訪了哀的父親宮野博士的朋友出島。他們認(rèn)為他可能多少知道一點(diǎn)黑暗組織的以及哀父親的行蹤，但是出島也已經(jīng)30多年沒(méi)和宮野博士碰頭了。但是就是最近宮野博士女兒明美曾來(lái)拜訪過(guò)，正當(dāng)柯南，小哀尋找明美留在這里的物品時(shí)出島卻意外死亡！

光彥暑假?zèng)]有來(lái)做廣播體操，柯南他們?cè)煸L光彥家，得知光彥一早就出去一個(gè)人去野營(yíng)。實(shí)在沒(méi)有理由來(lái)解釋光彥的單獨(dú)行動(dòng)?？履纤麄円宦飞蠁?wèn)過(guò)去，才知道光彥搭乘巴士與電車(chē)來(lái)到群馬縣的一個(gè)小站。而且似乎是進(jìn)入了森林?？履纤麄冇米粉櫻坨R開(kāi)路，卻遇到了群馬縣的警察他們?？履纤麄兊弥斑B續(xù)殺人犯沼淵己一郎也逃到這個(gè)森林中，不由得為光彥擔(dān)心起來(lái)！

平次，葉子終于安全到達(dá)小五郎的事務(wù)所，五人在吃飯的時(shí)候說(shuō)道最近都內(nèi)發(fā)生了連續(xù)發(fā)火事件，現(xiàn)場(chǎng)總會(huì)留下紅色的馬的人偶。次日，柯南等人造訪委托他們的諸角宅邸后亮子也以可能是自己多疑了為由放棄了委托。而在柯南他們監(jiān)視的過(guò)程中遇到了風(fēng)水師曾我和亮子的沖突。就在柯南眾人回去之后又再次發(fā)生了火災(zāi)而地點(diǎn)正是亮子的住處。

元太、光彥、步美目擊殺人事件。3人看見(jiàn)犯人要乘坐輕型卡車(chē)逃走，便潛入卡車(chē)跟蹤并聽(tīng)見(jiàn)挖掘洞穴及埋東西的聲音。次日，柯南與小五郎造訪卡車(chē)的所有方的倉(cāng)田運(yùn)輸，開(kāi)始調(diào)查。在調(diào)查之后眾人并沒(méi)有找到可疑的地方，之后柯南提議首先找到兇手隱藏尸體的地方，在不斷的尋找之后少年偵探團(tuán)的各位終于找到藏尸的地方而正在這時(shí)兇手出現(xiàn)，在眾人的齊心努力下，兇手終于被制服。

柯南、小蘭與小五郎因車(chē)子沒(méi)油了，得到木山家具社長(zhǎng)馬島的款待。社長(zhǎng)家的宅院每天會(huì)流三次水的組合石庭。在去客廳的途中眾人偶遇馬島與下屬發(fā)生沖突的一面。這天木山家具為了紀(jì)念1號(hào)店，聚集了眾多相關(guān)者開(kāi)宴會(huì)。而從設(shè)計(jì)石庭的前社長(zhǎng)的兒子、木山智則開(kāi)始，出席者仿佛都記恨馬島。清晨突然發(fā)現(xiàn)馬島社長(zhǎng)死在了石庭的中央！