與這起密室殺人事件有關(guān)的三人都被問話，柯南對(duì)這起在自己身旁發(fā)生的殺人事件已經(jīng)有了眉目，但在波本面前他沒有辦法利用麻醉槍。無法讓小五郎沉睡的柯南只能將大家向案件的真相誘導(dǎo)，而在這場(chǎng)推理中解密的正是波本，案件雖然順利解決，但案件的背后又是一個(gè)悲傷的故事。

泡沫、熱氣和煙的實(shí)驗(yàn)與室溫并沒有關(guān)系，在聽到三人單獨(dú)的問話后柯南鎖定了兇手。再次來到公寓的柯南又實(shí)施了實(shí)驗(yàn)，事發(fā)時(shí)吵鬧不停的鬧鐘和他們到達(dá)案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的時(shí)間成為了案件的突破口，而柯南也明白了制造出不在場(chǎng)證明假象的手法，案件的真相終于揭曉，而在真相的背后又隱藏著不為人知的悲劇。

阿笠博士為了鑒定古董壺的價(jià)值而在影音網(wǎng)站上傳了影像，沒想到卻引起了這次的綁架事件。就在柯南等人重新購買咖喱食材的那段時(shí)間內(nèi)，在家里的阿笠博士被電暈，而和博士在一起的步美也被綁架了，而綁架犯的目標(biāo)卻是讓柯南他們尋找簡(jiǎn)訊中的貓，在柯南等人來回奔波時(shí)綁架犯又發(fā)來了訊息，聲稱找到貓的綁架犯釋放了步美，但他們的真正目的到底是什么？

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過來時(shí)身邊的伙伴們都消失不見，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

現(xiàn)場(chǎng)的鄰居是前男友（前篇）