柯南小蘭等人在修好高中看棒球賽時，理事長室的優(yōu)勝錦旗被人割破，就在大家議論誰是犯人時，棒球隊主投小偉自首說這件事是自己做的，而他的母親卻說是她做的，柯南認為事情不會那么簡單，便和園子偷偷溜到理事長室，仔細觀察了錦旗后，他知道了犯人是誰，并利用變聲領結將大家叫到理事長室揭露了兇手。

這天，少年偵探團跟阿笠博士一起來到電影“哥美拉”的拍攝現(xiàn)場由博士的朋友三上導演帶著參觀。但這是電影的制片人龜井卻說出了電影要在今年終結的事實。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來松井竟然被人刺殺！當少年偵探團的各位趕到片場時看到了哥美拉刺殺龜井的現(xiàn)場！在追蹤哥美拉后只找到被焚燒的哥美拉服。看似毫無頭緒的現(xiàn)場在柯南縝密的勘察下最終發(fā)現(xiàn)了犯人的身份。

柯南、小蘭和小五郎參加了福爾摩斯旅行團，但此次旅行的主辦人旅店的老板金谷，被人鎖在車里推下山崖還引發(fā)的爆炸，而被孤立無法與外界聯(lián)系的旅客，因為不希望再出現(xiàn)死者，都集合在旅店房間里，說自己已經(jīng)知道兇手是誰的綾子，在車庫里爆炸身亡，就在大家討論誰是兇手時，突然停電，藤澤被某人用碎冰錐刺傷。

小五郎三人陰錯陽差的搭上了簱本家的豪華游輪，并遇到新婚夫婦夏江和小武，這時，簱本當家豪藏找孫女婿小武談話，他識破了小武是自己害死的對頭財誠勇夫的兒子。當大家都在餐廳用餐時，突然傳來管家鈴木的慘叫，豪藏遇害，大家把矛頭指向小武并將他關進倉庫，可是到了晚上，柯南又在夾板上發(fā)現(xiàn)了長孫女秋江丈夫的尸體，被禁足的小武也不見了蹤影。

柯南、小蘭和小五郎碰帶了一個深情恍惚的少女，送去醫(yī)院檢查后，醫(yī)生說少女暫時失去記憶，幾人從僅有的信息中找到了她所住的飯店，柯南不停的詢問讓少女頭疼而跑出酒店，突然有一輛汽車迎面開來，但少女靈敏被避開，調(diào)查過程中柯南發(fā)現(xiàn)這名女子身手矯健總能避開危險，她到底是什么人？為什么總遭到襲擊？