為了找尋灰原存有藥物資料的磁盤，柯南一行找到了她姐姐明美的老師廣田教授，趕到時(shí)卻發(fā)現(xiàn)教授死在一個(gè)密封的室內(nèi)，經(jīng)過鑒識(shí)認(rèn)定是后腦勺遭到重物撞擊而死，但這其實(shí)是一件蓄意殺人案，可疑人物鎖定在白倉、細(xì)矢和盛岡三人身上，就在柯南的推理遇到瓶頸時(shí)，灰原的一句話點(diǎn)醒了他，他用阿笠博士的聲音道出真相。

次日，大家來到傳說有幽靈的飯店，園子因沒有休息好而一人留在車上休息 ，用餐結(jié)束的時(shí)候，柯南看到車子居然開始沿路向懸崖的方向下滑，柯南和小蘭急忙跑去追車子，所幸在墜落之前將園子救出。因?yàn)橛辛岁幱埃瑘@子要走了去警察局，可是路上卻被不明人士跟蹤，道脅提議兵分兩路，小蘭和柯南將跟蹤狂制服，沒想到這個(gè)人居然是……而柯南突然意識(shí)到園子有危險(xiǎn)，當(dāng)他們趕到時(shí)，園子已經(jīng)被歹徒持刀相向……

原來這名行跡可疑的女士是柯南的媽媽有希子，她將此行的目的告訴柯南后，大家就一起聚到休息室聽小五郎的推理，期間，警察在隧道里淺間的尸體上發(fā)現(xiàn)了膠帶碎片，突然靈光一現(xiàn)，柯南知道了誰是兇手以及他的犯案手法，卻苦于沒有證據(jù)，按照小說的劇情，柯南還有被殺的可能，苦惱之時(shí)，有希子提議干脆將計(jì)就計(jì)讓兇手自己現(xiàn)身，于是一場(chǎng)揪出兇手的好戲上演。

小蘭，園子和柯南在溜冰場(chǎng)認(rèn)識(shí)了五個(gè)自稱是陶土射擊愛好者的朋友，就在大家等待看煙火的時(shí)候，洗手間卻傳來園子的尖叫，大家慌忙趕到現(xiàn)場(chǎng)時(shí)，看到的卻是千尋遭人用散彈槍擊中胸部倒坐在洗手間的慘狀，她的尸體旁邊留下了一個(gè)用血寫成的S狀文字，于是小五郎推斷這個(gè)英文字母代表著「兇手就是佐野泉」的信息，但高木和目暮警官卻推翻了他的猜測(cè)，之后，警方在死者的攜帶行動(dòng)電話上發(fā)現(xiàn)了KIX的字樣。

在插花藝術(shù)家岡野利香的個(gè)人紀(jì)念發(fā)表會(huì)上，酒店的經(jīng)理白木突然離奇死亡，柯南注意到白木胸前的花，在偷偷潛入岡野利香的房間后，成功找到氟化氯和氫酸硅化物，看來兇手還要繼續(xù)殺人，當(dāng)柯南看到舞臺(tái)岡野利香用以表演的花朵時(shí)，便急忙阻止它們綻放，因?yàn)榘啄舅劳龅拿孛芫筒卦谶@些花朵之中。