遭到魔犬追擊的和葉和小蘭趕緊跑到屋里躲起來(lái)，沒(méi)過(guò)一會(huì)，魔犬就消失了蹤影只留下一串火腳印，以此同時(shí)，從佐紀(jì)案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)找到玻璃球的柯南等人也趕來(lái)宅邸，據(jù)和葉和小蘭回憶她們當(dāng)時(shí)不僅聞到了洋蔥味還看到腳印在跳動(dòng)，這時(shí)，養(yǎng)子知晃說(shuō)起了美我子溺斃沼澤旁邊的奇怪小木屋，于是，一行人又前往沼澤進(jìn)行查看，沒(méi)想到魔犬再次出現(xiàn)。

服部把和葉的護(hù)身符錯(cuò)交給了國(guó)末照明，為了要回裝有服部照片的護(hù)身符，二人到東京。他們找到國(guó)末的朋友并隨他來(lái)到一家運(yùn)動(dòng)咖啡館，不想國(guó)末卻在廁所里被人毆打昏迷不醒。于是，柯南、服部和高木警官一起展開(kāi)調(diào)查，他們把嫌疑人的范圍縮小到三個(gè)人，并推斷國(guó)末白天觀看的比賽和這起事件有密切關(guān)系，可是他看的到底是什么比賽？這三個(gè)嫌疑人的證詞中又隱藏著什么線索？

為了讓扭傷腳的柯南療養(yǎng)腳傷，大伙兒一起來(lái)到城崎溫泉，然而，小蘭卻突然失蹤，柯南從光彥他們所拍的照片上看到小蘭和一個(gè)小女孩在一起，同時(shí)照片上還出現(xiàn)了一個(gè)行蹤可疑的男人。這時(shí)，柯南他們遇到了服部，他受人委托前來(lái)找一個(gè)叫陽(yáng)菜的女孩，而她正是和小蘭在一起的那個(gè)孩子。據(jù)陽(yáng)菜的父親周平所說(shuō)，在陽(yáng)菜失蹤的同時(shí)他美術(shù)館里的展品彩虹之子也不翼而飛。就在大家四處進(jìn)行尋找時(shí)，陽(yáng)菜和小蘭遇到了危險(xiǎn)。

雖然根據(jù)收據(jù)知道了這13件t恤是在每個(gè)周日的12：28所購(gòu)買(mǎi)的物品，但專柜的銷售員卻不記得購(gòu)買(mǎi)人的長(zhǎng)相，與此同時(shí)，柯南從t恤上奇怪的折痕調(diào)查出了十多年前的登山家遇難事故，而這似乎與這起爆炸事件有特殊的關(guān)聯(lián)，就在人質(zhì)們開(kāi)始躁動(dòng)的時(shí)候，柯南將小五郎麻醉，并指出了放置炸彈的幕后黑手，而他就是……

這個(gè)安置炸彈引起恐慌的不是別人，正是扮演無(wú)辜公民的綁著炸彈的那個(gè)男人，柯南不僅揭穿了他的身份還將他曾經(jīng)殺人的事情公之于眾，案件圓滿解決之后，柯南看到了不不明人士傳給小五郎的推理簡(jiǎn)訊，根據(jù)目擊者所說(shuō)傳簡(jiǎn)訊的那人很可能就是面帶傷疤的赤井秀一，待柯南追出去的時(shí)候發(fā)現(xiàn)赤井已經(jīng)離開(kāi)了大廈，而蓄意暗殺他的黑衣組織也因接到幕后老板的指示撤消了暗殺行動(dòng)。