在趕來支援的FBI的幫助下，柯南他們將獨(dú)自駕駛摩托的水無包圍，然而，馬路上卻出現(xiàn)了一個(gè)撿球的小男孩，為不傷害小孩，水無出車禍?zhǔn)軅Ａ硪贿叄穸髟谒疅o換下的衣物里發(fā)現(xiàn)了粘在鞋底的發(fā)信器和竊聽器，便臨時(shí)決定變更目標(biāo)向米花鎮(zhèn)駛?cè)ィ履喜煊X到他們的行動(dòng)，意識(shí)到小五郎性命堪憂，也匆匆趕往米花鎮(zhèn)，而此時(shí)黑衣組織已經(jīng)瞄準(zhǔn)了小五郎……

某天，一個(gè)自稱杉森政人的作家找到小林老師，說想要采訪少年偵探團(tuán)，得知這個(gè)消息后，元太、步美和光彥三人盛裝打扮，大家在小林老師的帶領(lǐng)下來到了杉森家，卻發(fā)現(xiàn)他的頭部遭人重?fù)簦阉烙诩抑校浇?jīng)過調(diào)查將嫌疑人士鎖定于在答錄機(jī)中留言的四人，而在這期間，讓柯南頭大的不止有案情還有一臉疑惑看著柯南推理的小林老師。

深夜從酒館醉醺醺出來的小五郎在回家的路上差點(diǎn)被建筑鋼條砸死，回到家后又收到了一條恐嚇?biāo)亩绦牛驮谒叵肱c誰結(jié)仇的時(shí)候，小蘭發(fā)現(xiàn)這根本不是小五郎的手機(jī)，外套也是一個(gè)叫木村的，雖然被威脅的人不是自己的爸爸，但小蘭還是很擔(dān)心，在第二天調(diào)查的時(shí)候突然有一輛卡車沖向他們，所幸躲得快才沒有受傷，調(diào)查不斷深入，柯南察覺到了其中的端倪……

服部平次和遠(yuǎn)山和葉特地趕到東京，邀約柯南和小蘭一起去大阪看甲子園球賽和寶塚歌舞，不巧的是這兩個(gè)節(jié)目居然在同一天舉行，為了決定看什么，服部和和葉爭(zhēng)論不休，這時(shí)小五郎提議進(jìn)行一場(chǎng)推理賽來決定去哪里，他將警方委托他調(diào)查一起殺人事件交給了平次和和葉。這起案件的死者是玩具公司的社長(zhǎng)，在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)服部準(zhǔn)確的說出了死亡方式以及兇器，并且還發(fā)現(xiàn)了死者用積木留下的死亡訊息，和葉心有不甘也認(rèn)真投入到暗號(hào)的破解之中，這兩個(gè)人到底誰更勝一籌呢？

為了謹(jǐn)慎起見，佐藤拜托目暮警官分別派人監(jiān)視這三個(gè)可疑人士，就在大家擔(dān)心浩太，而不知如何是好時(shí)，浩太居然從外面回來了，看著平安無事的浩太，大伙兒懸著心終于放下了，可是人質(zhì)雖然回來，還是不知道犯人是誰，佐藤主張一查到底，可將史卻不愿再追究下去，這時(shí)，高木警官注意到了腳底濕漉漉的浩太，詢問之后，他便一人沖了出去……