福康安與和因偷偷挪用貢珠煉取仙丹而惴惴不安，備受太后寵愛的小月跟隨紀曉嵐奉旨赴臨青州，調查藥方疑案，和見阻撓不成，詐稱可助他們一臂之力，騙取皇上信任。幾個人輾轉住進一如意樓。側面打聽到此地有一位名叫黃鐵牙的神醫(yī)。 四姑娘尾隨而至，直闖紀曉嵐房間，語帶雙關二人詩詞酬和，心照不宣。小月多疑，頓生不滿。實際上四姑娘此行特為要對御醫(yī)呂長安殺人滅口。十四王爺又密授兩位黑衣女子跟蹤四姑娘必要時斬草除根。 名醫(yī)世家出身的炳康和香草是青梅竹馬的伙伴，二人勤勤懇懇，為煉就一付能長生不第之仙藥不辭勞苦，炳唐之父，正是才因奶娘暴亡而受牽連的御醫(yī)呂長安--神醫(yī)黃鐵牙，此番在家鄉(xiāng)被香草之父，德和堂藥鋪何掌柜收留，隱姓埋名。 尷尬人偏遇尷尬事，小月剛剛與逡巡而來，闖入如意樓的和撞個滿懷，又與來無影去無蹤的四姑娘“巧遇”。

軍豪不愿見到朝中大亂，黎民涂炭的悲劇出現，冒死諫阻。忠言逆耳、皇上大怒。莫愁以家國為名，表示愿放棄兒女之情，并險些喝下墮胎之藥。幸虧紀曉嵐以三寸不爛之舌，說服她靜待時日，總有一天可以破鏡重圓。皇上寧為玉碎，不愿瓦全，斷然拒絕墮胎入宮的提議，要帶莫愁奔走天涯。和與紀曉嵐難得默契合作，強行挽留住了他的腳步。 中秋佳節(jié)，皓月當空，卷帙浩樊的《四庫全書》編纂工作大功告成，皇上應邀來閱微草堂，與兩情相悅的莫愁團圓依偎在一起。和、太后先后亦登臨紀府，異口同聲要求皇上回宮。正鬧得人仰馬翻之際，莫愁突然動產，生死攸關，太后以過來人的經驗竟擔當起接生婆的工作。 小皇子呱呱落地，眾從如釋重負。等著嗷嗷待哺的孩子，太后身上的母性復蘇，破天荒地承認了這是皇家血脈，一樁延宕多日，屢經曲折的姻緣終于名正言順，成為事實。 皇恩浩蕩，軍豪恢復狀元名號與小月重修百年之好，豐紳殷德亦接受賜婚，與十八格格結為夫妻。勞苦功高的紀曉嵐，則被賜賞了一桿金煙袋，作為“尚方寶劍”。從此，天下的貪官污吏任紀曉嵐敲打，天下的不平之事由紀曉嵐主持公道……"

京城里彌漫著一種神秘香氣，由于來勢突然朝廷內外俱驚。乾隆命和珅迅速查明香氣源頭。一神秘女人，自稱知道香氣由來，原來紀曉嵐為了撰寫《四庫全書》而廣征天下藏書，好友顏驥踴躍獻書。和珅卻大興文字獄。乾隆在和珅的煽動下，將顏驥全家賜死。紀曉嵐無力回天，只有將顏驥生前收藏的西域煙草點燃，以此明志要為顏驥討回公道，也正是此獨特香氣使全城大亂。昔日神秘女子正是顏驥流落在民間的私生女顏如五。如玉認為一切都因紀曉嵐而起，決定替父報仇，紀曉嵐扮作戲子，在戲臺之上拿出乾隆賜予的金煙桿，表明要為顏驥翻案的決心。

紀曉嵐與和聯手派人護送御醫(yī)呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。

盧焯告知和珅往來于兩人之間負責傳信的家丁被殺，雖然信件沒有丟，但在家丁身上卻發(fā)現了一首詩，暗示此舉是紀曉嵐所為。正當和珅擔心自己與盧焯的暗中交易有所敗露時，卻碰巧發(fā)現為了寫書而在茶社里擺攤收故事的紀曉嵐。乾隆向和珅詢問盧焯此人，和珅以為乾隆在試探自己。和珅假意推薦紀曉嵐前往浙江調查盧焯，誰知弄巧成拙，正合了乾隆的心意。和珅以買古董為由將乾隆帶到茶社附近，示意躲在暗中的阮媽適時出現，阮媽按照和珅的吩咐向紀曉嵐講述小月的身世，那邊廂，小月也在對杏兒講述著紀曉嵐對自己的恩德及自己對紀曉嵐的情意。紀曉嵐狼狽不堪地回到家里，提議讓小月嫁人，讓謠言不攻自破，小月氣極，表示除非讓皇上做媒