外出露營(yíng)的少年偵探團(tuán)為了避雨來(lái)到了一棟別墅，別墅內(nèi)的男傭人告訴大家最近房間內(nèi)有幽靈出現(xiàn)。在交談中，柯南等人得知?jiǎng)e墅的女主人不久前剛剛?cè)ナ溃兄魅藙t認(rèn)為幽靈是女主人回到了家中。關(guān)于出現(xiàn)幽靈一事，女傭人似乎顯得十分不適，而男主人的侄子似乎行跡也有些奇怪。柯南察覺到幽靈之事必有蹊蹺，決心與少年偵探團(tuán)一同查明真相。

阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)去朋友家的別墅玩，眾人卻在別墅的院子里發(fā)現(xiàn)一名倒在血泊中的男子，經(jīng)證實(shí)此人正是俗稱“佐羅”的連環(huán)搶劫縱火犯的同黨伊勢(shì)原祐二。為了解開謎團(tuán)，柯南只身一人前往深山，目睹了佐羅意圖殺害伊勢(shì)的場(chǎng)面。想要解圍的柯南在和伊勢(shì)一起逃亡的過程中被逼上了臨海的懸崖，在佐羅的追殺中不慎墜落懸崖的二人命運(yùn)將會(huì)如何？

警方確定了一起寶石搶劫案的嫌疑人，嫌疑人鷹取嚴(yán)男躲在一個(gè)倉(cāng)庫(kù)里，不知為何柯南與小五郎也在場(chǎng)。警方突破倉(cāng)庫(kù)門進(jìn)入準(zhǔn)備抓捕嫌疑人時(shí)，鷹取嚴(yán)男打開事先設(shè)下的陷阱，趁現(xiàn)場(chǎng)混亂之時(shí)綁架了柯南當(dāng)做人質(zhì)逃跑。柯南在犯人車上伺機(jī)逃跑，不料卻跑進(jìn)死胡同里被抓。無(wú)奈之下柯南被帶到了一個(gè)荒廢的倉(cāng)庫(kù)里，犯人鷹取嚴(yán)男究竟想讓柯南做些什么？

千葉警官在警局四處詢問有關(guān)“不明飛行物”的線索，卻毫無(wú)所獲，這天他回到家，收到了聲稱是自己宇宙第一大粉絲的人寄來(lái)的神秘郵件。在另一邊，名為和田陽(yáng)奈的女高中生來(lái)到毛利事務(wù)所，委托小五郎調(diào)查杯戶公園“UFO”一事。杯戶公園隔壁的杯戶高中發(fā)生殺人案件，這兩者是否有聯(lián)系？

不久，王聰聰父親來(lái)找魏老師要求轉(zhuǎn)學(xué)，還將那本畫有漫畫的書拿給老師看，王聰聰父親覺得秋實(shí)小學(xué)的文化氛圍不行，米小圈和姜小牙以及鐵頭聽到非常驚訝，好不容易建立起來(lái)的友誼現(xiàn)在卻要中斷，他們給王聰聰辦了熱烈的歡送會(huì)。一天，米小圈的父親接到一個(gè)電話，是王聰聰父親打來(lái)的，兒子被帶回家自學(xué)，將自己關(guān)在書房很多天，不吃不喝，只提出要見米小圈，王聰聰父親趕緊把米小圈叫去，米小圈幾個(gè)鬼臉做完，王聰聰變又樂不可支了。經(jīng)過這件事，王聰聰父親開始反省自己平時(shí)給米小圈的壓力太大，準(zhǔn)備今后帶他經(jīng)常出去玩玩，王聰聰終于肯出門了，平時(shí)在父親的高壓下學(xué)習(xí)，差點(diǎn)造成抑郁。而米小圈的父親覺得自己兒子非常健康，但是去到王聰聰家后，面對(duì)滿墻的獎(jiǎng)狀，他也開始反省，是不是自己“散養(yǎng)”的教育方式才讓米小圈沒有王聰聰優(yōu)秀，從王聰聰家回去，米小圈父親也特意騰出一間房子作書房，滿墻的書籍，滿墻的名人札記，米小圈看了直接嚇得暈倒！這天，米爸開心地宣布他們一家要到新馬泰旅游，米小圈興奮地向全班同學(xué)宣布，終于有吹牛的資本了，再也不被姜小牙比下去，可是萬(wàn)萬(wàn)沒有料到，父親訂單的旅游景點(diǎn)是在中國(guó)，并且標(biāo)準(zhǔn)的農(nóng)家樂，只是名字起得如此大氣，米小圈大失所望，