阿笠博士的金龜車在半路拋錨，導(dǎo)致他和灰原只能在路邊等便車，碰巧這時來了一輛前往東京的車子，車主是一對古怪的情侶，并且灰原還在車內(nèi)發(fā)現(xiàn)了彈孔和血跡，更恐怖的是她聽到這對情侶說要找到柯南把他弄個半死之類的話，驚恐的灰原趁機打電話向柯南求救，沒想到一直按照柯南指示的她竟然被這對情侶抓個正著，這兩個人是黑暗組織成員嗎？柯南又是出于什么原因讓灰原和博士乖乖被抓？

連續(xù)三年都會在生日時會收到恐嚇信的保科琉璍子，為了今年的生日會能夠順利舉行而邀請毛利作為保鏢。來到保科宅邸的小五郎眾人發(fā)現(xiàn)屋子里有著眾多的時鐘，而對于時鐘的準時性屋子的主任琉璍子也似乎有著非常人的執(zhí)著。在參觀屋子的時候柯南眾人還得知了屋子以前發(fā)生的事故，就在生日宴會中剛剛吹熄蠟燭的琉璍子突然被刺身亡！

柯南、小蘭和小五郎在咖啡廳結(jié)識了一名叫高畑響子的女士，她從警察那里得知的妹夫福島意外死亡后就匆忙趕回家中，現(xiàn)場除了尸體還有散彈槍和墜落的吊燈，警察準備以意外事件結(jié)案，但身為死者同學(xué)的千葉警官卻認為事情沒有那么簡單，他和同樣持有懷疑態(tài)度的柯南暗自展開了調(diào)查，不出所料這果然是一起有預(yù)謀的殺人事件！

為調(diào)查真相柯南、服部等人趕往犬伏家，大家從養(yǎng)女幸姬的口中聽說了犬伏家的祖先曾燒死狗的事情后，便一起前往祭奠這只狗的墓碑，沒想到竟然親眼目睹了養(yǎng)女佐紀從懸崖墜落的場景，柯南和服部立刻趕往現(xiàn)場并發(fā)現(xiàn)那里留下了一點一點持續(xù)燃燒的火腳印，難道說炎之魔犬真的存在？之后，在院子里照顧犬伏家柴犬的和葉和小蘭竟然也遭到魔犬的攻擊……

為了讓扭傷腳的柯南療養(yǎng)腳傷，大伙兒一起來到城崎溫泉，然而，小蘭卻突然失蹤，柯南從光彥他們所拍的照片上看到小蘭和一個小女孩在一起，同時照片上還出現(xiàn)了一個行蹤可疑的男人。這時，柯南他們遇到了服部，他受人委托前來找一個叫陽菜的女孩，而她正是和小蘭在一起的那個孩子。據(jù)陽菜的父親周平所說，在陽菜失蹤的同時他美術(shù)館里的展品彩虹之子也不翼而飛。就在大家四處進行尋找時，陽菜和小蘭遇到了危險。