根據綁架犯的做法柯南判斷是熟悉阿笠博士家的人所為，而最近前來查看古董壺的三組人便成了被懷疑的對象，他們所發來的小貓照片是小蘭媽媽上傳的音像，而這一切只是為了帶走步美的借口，因為他們真正的目的是阿笠博士價值連城的波斯地毯。通過阿笠博士對三組人的描述后柯南鎖定了目標，而步美的耳朵和真正地毯上都留有決定性的證據。

新印象公司旗下的業務員們發生不斷遭人襲擊重傷的案件，犯人甚至脅迫新印象公司的社長要求支付現金，隨后犯人進一步指明交付現金的必須是毛利小五郎，而警方還不知道犯人會以什么樣的方式接受現金。犯人利用電磁鐵取走現金的手法已被破解，而嫌疑人西澤也浮出水面，在小蘭和柯南前往西澤家調查時卻看到了他的尸體。

八號車廂里的殺人事件已經偵破，而有希子與苦艾酒的對峙還沒有結束，在八號車廂制造火災假象后等待著小哀的是波本。與苦艾酒所計劃的一樣，隨著列車的爆炸苦艾酒的任務也告一段落，正在品味勝利成果的她卻又看到了和少年偵探團一起的小哀，這一切的背后還有所隱藏，前來協助柯南的究竟是何方神圣？

少年偵探團對于賈斯丁的事件還是非常在意，偷偷溜出來的他們和柯南一起展開了調查，聰明的賈斯丁并沒有坐以待斃，顯眼的他四處留下關于自己的信息，而柯南根據這些信息終于找到了他。犯人終于被捕，但事件卻還沒有結束，熊紋公司的社員井上先生有著太多的疑點，柯南能感覺到這件事情還不止這么簡單。

和笹本小姐一起晨跑的高木警官在路上撿到了一個皮包，打開之后里面竟是3千萬的巨額鈔票，沒過多久鈔票的失主平沼先生便來到了警局。經過調查之后高木警官發現平沼先生丟錢的時間有所出入，仔細觀察后的柯南得出了結論，平沼先生是在早上故意將錢放在路上，而他想把錢交給的則是有著晨跑習慣的笹本小姐，但他的用意卻讓眾人很困惑。