少年偵探團幫隔壁班浩樹找貓的時候，無意中在一戶人家的浴室里發(fā)現(xiàn)尸體，柯南趕緊叫來警察調(diào)查，開門的是一個脾氣很差的大叔，柯南沖進浴室卻發(fā)現(xiàn)尸體不見了，而這個大叔卻表示什么都不知道，自己則回二樓去睡覺讓警察隨便找，這時，臭脾氣大叔的弟弟回家并幫忙一起尋找，經(jīng)過一天的搜查，警察無獲而返，但是不甘心的偵探團在夜里繼續(xù)調(diào)查，柯南一人潛入，卻遇到了危險……

柯南注意到這些音符并將其解讀，這時，當?shù)氐睦暇煺f倉庫里有麻生圭二留下來的樂譜，這種重要線索柯南自然不會放過，他和警察一起去找樂譜，而這期間，一直精神怪異的西本上吊死亡，腳下還留有遺書，柯南推斷出這是他殺，當在看到麻生圭二留下來的樂譜后，柯南斷定出了兇手，他利用變聲領結和廣播室說出真相。

小五郎應畫家花岡之邀前來談話，可是等了許久仍沒見到花岡的身影，就在小五郎生氣要離開時花岡出現(xiàn)，與此同時，另一位住在對面的女插畫家蝶野打來電話說要自殺，柯南等人親眼看到蝶野從樓下墜落，趕到現(xiàn)場時蝶野已死，而這個看似自殺的案件其實是他人謀殺，兇手就是花岡，可蝶野從樓上跳下時，花岡正和大家在一起，他到底是怎么做到的？

這天，少年偵探團跟阿笠博士一起來到電影“哥美拉”的拍攝現(xiàn)場由博士的朋友三上導演帶著參觀。但這是電影的制片人龜井卻說出了電影要在今年終結的事實。突然從休息室傳出了松井的哀嚎聲，原來松井竟然被人刺殺！當少年偵探團的各位趕到片場時看到了哥美拉刺殺龜井的現(xiàn)場！在追蹤哥美拉后只找到被焚燒的哥美拉服。看似毫無頭緒的現(xiàn)場在柯南縝密的勘察下最終發(fā)現(xiàn)了犯人的身份。

小五郎三人陰錯陽差的搭上了簱本家的豪華游輪，并遇到新婚夫婦夏江和小武，這時，簱本當家豪藏找孫女婿小武談話，他識破了小武是自己害死的對頭財誠勇夫的兒子。當大家都在餐廳用餐時，突然傳來管家鈴木的慘叫，豪藏遇害，大家把矛頭指向小武并將他關進倉庫，可是到了晚上，柯南又在夾板上發(fā)現(xiàn)了長孫女秋江丈夫的尸體，被禁足的小武也不見了蹤影。