毛利小五郎帶小蘭和柯南到傳說有天狗出沒的山里玩，路遇鄉土學者下村昌三。天色已晚，小五郎他們只好在民宿住上一晚。第二天，在小蘭的提議下，大家去附近的洞窟景點參觀，卻意外撞到鎮長帶著天狗的面具，在洞窟懸崖上的祠堂上吊自殺。鎮長為何要扮成天狗？他自殺的動機又是什么？

"米小圈睡得模模糊糊，他打開鬧鐘一看，呀，時間已經到了上午10點多了，米小圈嚇得連忙喊爸爸也起床，父子倆一個要上班，一個要上學，他們趕緊刷牙洗臉，順便喊媽媽準備全家人的早餐，媽媽睡眼惺忪地來到他們身邊，她定睛看了看鬧鐘，原來鬧鐘放反了，現在才凌晨2點多，米小圈趕緊又回到床上休息，普通又忙碌的一天，就這樣拉開了序幕。上午老師給全班同學留了一道作文題，名字叫《我的朋友》，米小圈想來想去，他覺得自己的朋友實在太少了，忍不住傷心的哭了起來，父親看到孩子在抹眼淚，關切地坐在他身旁問怎么回事，米小圈問爸爸有沒有朋友，嗯，至于朋友這件事，他的父親從來沒有想過，于是隨口感嘆，他好像一直都沒有朋友，說完這句話，父親也感覺到深深的悲哀，忍不住痛哭起來，母親看到父子倆如此悲戚，無奈搖搖頭。最近《十萬個為什么》在小朋友身邊非常流行，放學后米小圈和同學車馳一起討論《十萬個為什么》里面的內容，嗯，這個車馳實在見識廣博，米小圈站在他面前，簡直就像一個三歲的小朋友，自我感覺實在太孤陋寡聞，他決定今后少和車馳小朋友在一起探討有關科學方面的問題。轉眼就到作文課了，老師讓小朋友們逐個上臺演講，說一說他的好朋友，同學們一個又

柯南醒來后發現自己身在一個狹小黑暗的空間里，眼睛漸漸習慣后他才發現自己被困在了棺材里，能聽到風聲這一點證明他還沒被埋起來，暈倒前的一幕幕也漸漸想了起來。毛利小五郎最近接到了一起案子，律師事務所保險柜被撬，存放在里面的遺囑不見了，這是過世的塘橋集團會長的遺囑，這件事與柯南的遭遇是否有聯系呢？

柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發現石灰已經用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發現一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發現了一具骸骨……

日賣體育記者加賀爪弘和橋爪明曾在一年前報道過一篇關于大企業老板角山制作所的山角雄三社長去世引發的遺囑失蹤事件，這兩位記者當時不斷煽風點火，將自己挖到的爭奪遺產的丑聞都刊登在雜志上害的親屬爭執不斷最后甚至引發了殺人未遂案。柯南白天在餐館遇到了這兩名關系很差的記者，沒想到就在當晚，加賀爪弘竟然被發現在河邊遇害。