柯南和平次傳來歷史學家的死訊，眾人陷入恐慌，并認為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門，考古學家主動要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長詢問細節，院子卻突然再次著火，與此同時樓上的考古學家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房內，待柯南等人趕到時已經喪命。經過一番調查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。

米小圈在電視上看到小區大娘的寵物狗丟了，看來小區附近有偷狗賊，米小圈非常驚慌地跑出去看耗子，剛好姜小牙也在，姜小牙總是來看耗子，現在不會再偷偷將它帶回家了，鐵頭也看了電視，匆匆忙忙來找耗子，三個人都這么關心寵物狗，鐵頭聽到米小圈同意他作孩子的哥哥，起初還很開心，當聽到姜小牙和米小圈都作了耗子的爸爸時，頓時不開心了，三個人的關系這么鐵，現在直接差輩了。三個人正說著，忽然發現狗沒了，之后匆匆忙忙去找狗，卻在小區另一側，中央公園門口一個老大爺騎車帶著耗子悠閑而去。米小圈和姜小牙鐵頭就這樣看著耗子被帶走，他們立刻給警察叔叔報了警，之后尾隨狗販子看要將狗帶去哪里。他們一路跟著到了一處小院，親眼看到耗子被關了進去，米小圈和姜小牙和鐵頭商量采用聲東擊西的方法引開爺爺，之后再偷偷潛入院子將耗子偷走。鐵頭哭不出來，姜小牙便幫忙在他大腿處狠狠掐了一把，終于鐵頭疼得哇哇大哭。鐵頭哭著稱自己找不到家，老大爺便帶著他去找家，米小圈和姜小牙便悄悄溜進院子，將耗子給抱了起來，姜小牙被一盆粉紅色的面團吸引，伸手去捏了捏，竟然整雙手都被陷了過去，米小圈趕過去幫忙，兩人都被面團黏住了。就這樣錯過了偷跑的最佳時機，不一會兒

柯南所在的班里來了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫線，卻發現石灰已經用完了。柯南告訴若狹老師舊倉庫里可能有石灰，元太和光彥開玩笑說舊倉庫有幽靈出沒，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團一同前往舊倉庫。在尋找石灰的過程中，柯南發現一扇通往地下的門，眾人合力打開門后，卻驚人地發現了一具骸骨……

米小圈要去扔垃圾，忽然看到門口還有一個大箱子，還以為是自己家的垃圾，他很快將這個箱子一起推到電梯口，箱子是鄰居的，開門拿東西卻看到紙箱被人推到電梯口，因為急著回屋接電話，匆匆忙忙出來看到箱子又被人給推到電梯口了。米小圈也很奇怪，明明把紙箱帶到電梯口兩次，卻轉眼莫名又回來了，終于將對面鄰居抓個現行，鄰居摘下眼鏡告訴米小圈，他是個作家，擔心米小圈不相信還把自己出的書給他看。對照了書上的照片之后，米小圈對作家非常膜拜，原來名人就住在自己隔壁。不久，米小圈的作文被登到雜志上，同學們羨慕得不行，米小圈卻自嘲這有什么，他將來是要當作家的，同學們紛紛嘲笑他吹牛，讓米小圈出版一本書給他們看看。米小圈從來沒有寫書的經驗，寫一本書至少要好幾萬字，爸媽也沒有寫作的經驗給米小圈出的主意都沒有可行性，米小圈忽然想到隔壁還有個大作家可以用，立刻登門拜訪。已經過了飯點，大作家還沒有吃飯，看到米小圈要磕頭拜師，大作家立刻擺擺手，讓他不要搞這些形式主義，說著打了一個餓嗝，看到師父餓了，米小圈立刻跑回家找方便面火腿腸，媽媽看到米小圈要送拜師禮，立刻將家里僅剩的牛肉罐頭拿給米小圈。作家吃了牛肉罐頭，開始認真給米小圈教導如何

警方確定了一起寶石搶劫案的嫌疑人，嫌疑人鷹取嚴男躲在一個倉庫里，不知為何柯南與小五郎也在場。警方突破倉庫門進入準備抓捕嫌疑人時，鷹取嚴男打開事先設下的陷阱，趁現場混亂之時綁架了柯南當做人質逃跑。柯南在犯人車上伺機逃跑，不料卻跑進死胡同里被抓。無奈之下柯南被帶到了一個荒廢的倉庫里，犯人鷹取嚴男究竟想讓柯南做些什么？