收到市川產(chǎn)業(yè)的會(huì)長(zhǎng)的委托而且參加了在會(huì)長(zhǎng)家開(kāi)的party的小五郎他們，為了確定公司的繼承人調(diào)查了會(huì)長(zhǎng)的女兒們。在柯南跟蹤一重小姐時(shí)卻不慎被人暈倒，當(dāng)他起來(lái)趕往會(huì)場(chǎng)的時(shí)候市川卻因?yàn)橥话l(fā)心臟病倒地身亡。但市川真的是因?yàn)橥话l(fā)心臟病死亡卻引發(fā)了市川的女兒們的爭(zhēng)論。而從包里搜出的注射器的一重也成為了頭號(hào)嫌疑犯。但在柯南推理下最終發(fā)現(xiàn)了真兇的身份。

學(xué)校里最近發(fā)生了很多詭異的事情，而且教導(dǎo)主任在沒(méi)請(qǐng)假的情況下也消失了好幾天，當(dāng)柯南向老師和校長(zhǎng)問(wèn)及此事時(shí)，大家也都避而不語(yǔ)，為調(diào)查真相少年偵探團(tuán)夜探帝丹小學(xué)，附有學(xué)生名字的娃娃，移動(dòng)的人體模型，窗戶(hù)后面的黑影，樓梯上的煙霧和扶手上的紅色顏料，以及自己班級(jí)里突然出現(xiàn)的十幾個(gè)黑影，雖然這一切看似撲朔迷離，但是真相只有一個(gè)。

在醫(yī)院醒過(guò)來(lái)的小蘭看到麻美平安無(wú)事便和園子一起出去買(mǎi)東西，但等她們回來(lái)之后卻發(fā)現(xiàn)麻美不見(jiàn)了。另一邊，柯南還在為找出事故原因向消防員詢(xún)問(wèn)現(xiàn)場(chǎng)狀況，并下山去沢井等人去的便利商店詢(xún)問(wèn)當(dāng)時(shí)他們買(mǎi)東西的場(chǎng)景，在老板指出有一人行動(dòng)奇怪后，柯南便知道了放火就是那個(gè)人！

因?yàn)榭履喜聦?duì)了海豚旅行團(tuán)所出的謎題，于是，為三人贏得了一次免費(fèi)乘坐交響樂(lè)號(hào)去小笠原的機(jī)會(huì)，能登上這艘船的只有十名乘客，在登記途中，小五郎碰見(jiàn)了老警察鮫崎，但聽(tīng)乘務(wù)員說(shuō)這艘船上還有第三名偵探，小蘭和柯南也無(wú)意中發(fā)現(xiàn)了這次活動(dòng)的組織古川，夜晚，大家聚在一起討論此次前來(lái)的乘客，當(dāng)聽(tīng)到葉才三這個(gè)名字時(shí)，每個(gè)人都面露驚訝之色。

某天，柯南發(fā)現(xiàn)有人正在搶劫運(yùn)鈔車(chē)，雖然奮力追趕，但還是讓搶匪驅(qū)車(chē)逃跑，之后，警方發(fā)現(xiàn)搶匪的車(chē)并認(rèn)定這是一起單純地?fù)尳偈录？墒虑椴⑽淳痛私Y(jié)束，參與搶劫的兩名搶匪被殺，并在兇案現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了銀行職員廣田亞美的口紅，雖然亞美嫌疑最大但案件還有許多疑點(diǎn)，這時(shí)，柯南意識(shí)到她有危險(xiǎn)，用發(fā)信器追蹤到達(dá)后亞美已死，而這件事的幕后黑手居然是……