警方將犯案嫌疑鎖定在三個(gè)人身上，偵訊中警察發(fā)現(xiàn)他們都對唯利是圖的死者恨之入骨，之后，小林老師魂不守舍的聽完了其中兩人的錄音但表示這都不是兇手的聲音便匆匆離開了警局。次日，白鳥警官主動(dòng)來到帝丹小學(xué)向誤會(huì)他的小林老師表明心跡，不想?yún)s遭到了拒絕，當(dāng)晚，情緒低落的小林老師一人在學(xué)校值班，然而，危險(xiǎn)卻悄悄向她逼近……

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個(gè)嫌疑人展開詢問，可是每個(gè)人都有不在案發(fā)現(xiàn)場的證明，與此同時(shí)，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當(dāng)柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時(shí)將高明救出，把他送到醫(yī)院的時(shí)候，小蘭對醫(yī)生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個(gè)問題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！

在參加大學(xué)校慶的柯南和小蘭等人遇到了殺人事件，就在警官要判定為自殺事件的時(shí)候，在柯南的引導(dǎo)下警方判斷此次為他殺事件。而安菜在小蘭她們進(jìn)來之前已經(jīng)死亡，但此時(shí)如何讓桌子擺動(dòng)的事情成為了破案的關(guān)鍵，而表演時(shí)站在安菜周圍的三人成了重點(diǎn)懷疑對象。經(jīng)過對現(xiàn)場的調(diào)查柯南很快發(fā)現(xiàn)了犯人的犯罪手法和犯人的身份，在確鑿的證據(jù)面前犯人最終承認(rèn)了罪行，并說出了殺死安菜的理由。

柯南被小五郎拜托照顧一個(gè)叫圣誕的兩歲孩子，因?yàn)樗膵寢屖幼罱偸潜徊幻魅耸扛櫍谑切∥謇砂抵羞M(jìn)行保護(hù)，沒想到在茂子幫清潔公司送衣服是時(shí)候被人綁架，為解救人質(zhì)尋找更多的線索，柯南和圣誕來到他的家里進(jìn)行調(diào)查，在一片狼藉的屋內(nèi)柯南發(fā)現(xiàn)了鳥的羽毛，這一定是從歹徒身上掉下來的，之后，他和圣誕一起展開了行動(dòng)，最終柯南找到綁架犯，而這一切竟然是一場無聲的誤會(huì)！

為調(diào)查真相柯南、服部等人趕往犬伏家，大家從養(yǎng)女幸姬的口中聽說了犬伏家的祖先曾燒死狗的事情后，便一起前往祭奠這只狗的墓碑，沒想到竟然親眼目睹了養(yǎng)女佐紀(jì)從懸崖墜落的場景，柯南和服部立刻趕往現(xiàn)場并發(fā)現(xiàn)那里留下了一點(diǎn)一點(diǎn)持續(xù)燃燒的火腳印，難道說炎之魔犬真的存在？之后，在院子里照顧犬伏家柴犬的和葉和小蘭竟然也遭到魔犬的攻擊……