柯南等人來到方斗寺調(diào)查會(huì)預(yù)知未來的佛像一事，因天色已晚便決定在寺院內(nèi)留宿。正當(dāng)眾人享用晚飯時(shí)，突然從房?jī)?nèi)傳出一聲慘叫，原來是正在房中念經(jīng)的住持被人殺害。毛利小五郎通過柯南在院內(nèi)找到的一些線索，推斷出了兇手的身份，然而正當(dāng)兇手跪地坦白自己的罪行時(shí)，柯南突然發(fā)現(xiàn)案件并沒有結(jié)束……

小五郎讓柯南和小蘭陪他一起去位于大分的別府溫泉旅行，說到別府溫泉最有名的莫過于地獄巡游之旅，就在小蘭和柯南興致勃勃討論的時(shí)候小五郎卻在一旁默不作聲。在柯南和小蘭的逼問下小五郎才說出了實(shí)情，這次的旅行目的是尋找仲代電氣社長(zhǎng)的女兒麻奈美，柯南根據(jù)照片找到了麻奈美所住的旅館，但這僅僅只是開始。

少年偵探團(tuán)的理科自由研究作業(yè)是拍攝鎮(zhèn)子的全景照片，為此阿笠博士帶他們來到云丸山露營(yíng)，在山中小屋他們遇到了正在爭(zhēng)吵的四人，而三年前意外去世的元木是他們爭(zhēng)吵的焦點(diǎn)。爭(zhēng)吵過后岳美負(fù)氣離開睡在了懸崖底下，半夜的時(shí)候榮子等人為三年前因意外去世的元木默哀，正好醒來的柯南見證了這一幕，但在第二天元太卻發(fā)現(xiàn)山下的岳美小姐倒在了血泊中。

為了紀(jì)念戰(zhàn)國(guó)武將信長(zhǎng)入主岐阜城450周年，偵探少年團(tuán)和阿笠博士來到岐阜市內(nèi)游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當(dāng)?shù)氐挠⑿坌惚硌荨１硌萁Y(jié)束后，光彥因想得到簽名而獨(dú)自返回觀看場(chǎng)所，然而他卻在尋找表演人員的過程中遭到綁架……與此同時(shí)，在博物館展出的信長(zhǎng)公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。

"米小圈睡得模模糊糊，他打開鬧鐘一看，呀，時(shí)間已經(jīng)到了上午10點(diǎn)多了，米小圈嚇得連忙喊爸爸也起床，父子倆一個(gè)要上班，一個(gè)要上學(xué)，他們趕緊刷牙洗臉，順便喊媽媽準(zhǔn)備全家人的早餐，媽媽睡眼惺忪地來到他們身邊，她定睛看了看鬧鐘，原來鬧鐘放反了，現(xiàn)在才凌晨2點(diǎn)多，米小圈趕緊又回到床上休息，普通又忙碌的一天，就這樣拉開了序幕。上午老師給全班同學(xué)留了一道作文題，名字叫《我的朋友》，米小圈想來想去，他覺得自己的朋友實(shí)在太少了，忍不住傷心的哭了起來，父親看到孩子在抹眼淚，關(guān)切地坐在他身旁問怎么回事，米小圈問爸爸有沒有朋友，嗯，至于朋友這件事，他的父親從來沒有想過，于是隨口感嘆，他好像一直都沒有朋友，說完這句話，父親也感覺到深深的悲哀，忍不住痛哭起來，母親看到父子倆如此悲戚，無奈搖搖頭。最近《十萬(wàn)個(gè)為什么》在小朋友身邊非常流行，放學(xué)后米小圈和同學(xué)車馳一起討論《十萬(wàn)個(gè)為什么》里面的內(nèi)容，嗯，這個(gè)車馳實(shí)在見識(shí)廣博，米小圈站在他面前，簡(jiǎn)直就像一個(gè)三歲的小朋友，自我感覺實(shí)在太孤陋寡聞，他決定今后少和車馳小朋友在一起探討有關(guān)科學(xué)方面的問題。轉(zhuǎn)眼就到作文課了，老師讓小朋友們逐個(gè)上臺(tái)演講，說一說他的好朋友，同學(xué)們一個(gè)又